mRNA sequencing and LC-MS data for: Exposure of colon-derived epithelial monolayers to fecal luminal factors from patients with colon cancer and ulcerative colitis results in distinct gene expression patterns

SND-ID: 2024-455. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.5878/bdc2-kk22

Ladda ner data

Gene counts and LC-MS.xlsx (8.53 MB)

Tillhörande dokumentation

Data collection and method.docx (33.1 KB)

Explanation of variables.docx (14.43 KB)

Ladda ner alla filer

2024-455-1.zip (~8.57 MB)

Citering

Skapare/primärforskare

Maria Magnusson - Göteborgs universitet, Institutionen för biomedicin

Forskningshuvudman

Göteborgs universitet

Beskrivning

Resultat från mRNA sekvensering från epiteliala monolager odlade med fekala supernatanter från patienter med ulcerös kolit, coloncancer och friska. Resultat från analys av metaboliter i de fekala supernatanterna mha LC-MS.

Datasetet innehåller:
Två dokumentationsfiler där metod och datainsamling redovisas
En fil innehållande tabulär data där resultaten från analyser redovisas.

Data innefattar personuppgifter

Nej

Språk

Engelska

Metod och utfall

Population

Patienter med ulcerös kolit, patienter med koloncancer samt friska individer.

Tidsdimension

Tvärsnitt

Studiedesign

Experimentell studie

Beskrivning av studiedesign

Se bifogad fil "Data collection and method"

Tidsperiod(er) som undersökts

2018 – 2019

Studie kopplad till biobank

Studien har använt befintliga prover/material från en vetenskaplig samling eller biobank

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Datainsamling

Geografisk täckning

Administrativ information

Finansiering 1

Finansiär: Vetenskapsrådet
Diarienummer hos finansiär: 2019-01052, 2018-02566

Finansiering 2

Finansiär: Apotekare Hedbergs stiftelse
Projektnamn på ansökan: Resolution av inflammation hos patienter med ulcerös kolit

Finansiering 3

Finansiär: ALF anslag
Diarienummer hos finansiär: ALFGBG-723921, ALFGBG-722331, ALFGBG-965619

Etikprövning

Göteborg - dnr Dnr 563-02

Göteborg - dnr Dnr 233-10

Göteborg - dnr Dnr 988-14

Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Cellbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Immunologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Gastroenterologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Nyckelord

Mag-tarmsjukdomar, Tjocktarmssjukdomar, Tjock- och ändtarmstumörer, Ulcerös kolit, Fekala supernatanter, Mrna sekvensering, Koloncancer

Publikationer

Sortera på namn | Sortera efter år

Moraes Holst, L., Iribarren, C., Sapnara, M., Savolainen, O., Törnblom, H., Wettergren, Y., Strid, H., Simrén, M., Magnusson, M. K., & Öhman, L. (n.d.). Fecal Luminal Factors from Patients with Gastrointestinal Diseases Alter Gene Expression Profiles in Caco-2 Cells and Colonoids. In International Journal of Molecular Sciences (No. 15505; Vol. 23, Issue 24). https://doi.org/10.3390/ijms232415505
DOI: https://doi.org/10.3390/ijms232415505
SwePub: oai:gup.ub.gu.se/323826

Iribarren, C., Nordlander, S., Sundin, J., Isaksson, S., Savolainen, O., Törnblom, H., Magnusson, M. K., Simrén, M., & Öhman, L. (n.d.). Fecal luminal factors from patients with irritable bowel syndrome induce distinct gene expression of colonoids. In Neurogastroenterology and Motility (Vol. 34, Issue 10). https://doi.org/10.1111/nmo.14390
DOI: https://doi.org/10.1111/nmo.14390
SwePub: oai:gup.ub.gu.se/316392

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Publicerad: 2024-09-10