Material av fossila kvastfeniga fiskar (Holoptychius sp., Rhizodontida indet., Dipnoi indet.) från Iveragh-halvön (Irland) - CT-data, 3D-modeller

Datasetet är en del av en studie av fossilt fiskmaterial från sydvästra Irland (Sarcopterygii: Dipnoi indet., Rhizodontida indet. och Holoptychius sp.; Givetian på Iveragh-halvön). Data består av datortomografiska bildstaplar och efterföljande arbetsfiler (dvs. segmentering, visualiseringsfiler, STL-filer och 3D PDF-filer).

1. Dataset från datortomografi
På Londons Naturhistoriska Museum gjordes datortomografi på materialet med ett Nikon HMX ST 225-system (Nikon Metrology, Leuven, Belgien), utrustat med ett reflektionsmål av volfram. Detaljerade inställningar justerades för varje exemplar och finns angivna i den tillhörande artikeln (se "Material and Methods"). Exemplaren krävde sammanfogning med hjälp av ett särskilt framtaget NHM-skript skrivet i Octave.
Vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, utfördes skanningen med ett Nikon Metrology XT H 225 ST mikrofokus CT-instrument vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, med 220 kV, 245 µA, 4444 projektioner, 2 bilder per projektion, med 1 mm tennfilter, Fast CT protocol (icke minimering ringartefakter) och voxelupplösningen var 23.9 µm. Detaljerade inställningar finns angivna i den tillhörande artikeln.

2. Materialise Mimics och Drishti-filer (segmentering)

3. STL-filer

4. 3D PDF-filer
I Mimics användes varje enskild struktur som motsvarar en mask för att generera ett högkvalitativt 3D-objekt, som i sig omvandlades till en STL-fil. STL-filerna importerades sedan till Materialise 3-matic (v. 15.0) och Blender (v. 2.82). Varje STL-yta förenklades sedan och korrigerades med hjälp av följande funktioner: "reduce number of triangles" (geometrical error 0.1, preservation of surface contours) och "smoothing" (factor 0.1). Till slut genererades en 3D PDF-fil och den kan öppnas i Adobe Acrobat.”

för följande exemplar
a. NHMUK PV P 59686
Rhizodontida indet. (främre koronoid med huggtand, en indet. ansiktsben), Dipnoi indet. (vänster underkäke tandplatta), Bothriolepis dairbhrensis (indet anatomical element och Ml2, icke analyserat i artikeln). Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic och Blender. Referenskubens kanter är 10 mm.

b. NMING:F35232
Holoptychius sp. (dermal scale). Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 1 mm.


**LÄNKAR TILL ANVÄNDA VERKTYG**
MATERIALISE MIMICS and 3-MATIC (segmentering, 3D-modellering):
https://www.materialise.com/en/healthcare/mimics-innovation-suite

DRISHTI (3D-visualisering):
https://github.com/nci/drishti
Ajay Limaye; Drishti: a volume exploration and presentation tool. Proc. SPIE 8506, Developments in X-Ray Tomography VIII, 85060X (October 17, 2012) Visa mindre..