Material av fossila kvastfeniga fiskar (Holoptychius sp., Rhizodontida indet., Dipnoi indet.) från Iveragh-halvön (Irland) - CT-data, 3D-modeller
SND-ID: 2023-84-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.57804/s0tg-cb09
Ladda ner data
- 1. CT data
- 2. segmentation files
-
3. STL files
-
NHMUK PV P 59686
- _NHMUK PV P 59686_1 cm3_001.stl (45.8 MB)
- _NHMUK PV P 59686_Bothriolepis indet_001.stl (57.64 MB)
- _NHMUK PV P 59686_Bothriolepis ML2_001.stl (131.66 MB)
- _NHMUK PV P 59686_Dipnoi toothplate_001.stl (111.67 MB)
- _NHMUK PV P 59686_facial dermal bone_001.stl (209.2 MB)
- _NHMUK PV P 59686_Rhizodont cornoid + fang_001.stl (673.97 MB)
- _NHMUK PV P 59686_whole specimen_001.stl (1.87 GB)
- NMING F35232
-
NHMUK PV P 59686
- 4. 3D pdfs
Tillhörande dokumentation
Ladda ner alla filer
Citering
Skapare/primärforskare
Vincent Dupret - Uppsala universitet
Forskningshuvudman
Uppsala universitet - Institutionen för organismbiologi
Beskrivning
Datasetet är en del av en studie av fossilt fiskmaterial från sydvästra Irland (Sarcopterygii: Dipnoi indet., Rhizodontida indet. och Holoptychius sp.; Givetian på Iveragh-halvön). Data består av datortomografiska bildstaplar och efterföljande arbetsfiler (dvs. segmentering, visualiseringsfiler, STL-filer och 3D PDF-filer).
1. Dataset från datortomografi
På Londons Naturhistoriska Museum gjordes datortomografi på materialet med ett Nikon HMX ST 225-system (Nikon Metrology, Leuven, Belgien), utrustat med ett reflektionsmål av volfram. Detaljerade inställningar justerades för varje exemplar och finns angivna i den tillhörande artikeln (se "Material and Methods"). Exemplaren krävde sammanfogning med hjälp av ett särskilt framtaget NHM-skript skrivet i Octave.
Vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, utfördes skanningen med ett Nikon Metrology XT H 225 ST mikrofokus CT-instrument vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, med 220 kV, 245 µA, 4444 projektioner, 2 bilder per projektion, med 1 mm tennfilter, Fast CT protocol (icke minimering ringartefakter) och voxelupplösningen
1. Dataset från datortomografi
På Londons Naturhistoriska Museum gjordes datortomografi på materialet med ett Nikon HMX ST 225-system (Nikon Metrology, Leuven, Belgien), utrustat med ett reflektionsmål av volfram. Detaljerade inställningar justerades för varje exemplar och finns angivna i den tillhörande artikeln (se "Material and Methods"). Exemplaren krävde sammanfogning med hjälp av ett särskilt framtaget NHM-skript skrivet i Octave.
Vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, utfördes skanningen med ett Nikon Metrology XT H 225 ST mikrofokus CT-instrument vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, med 220 kV, 245 µA, 4444 projektioner, 2 bilder per projektion, med 1 mm tennfilter, Fast CT protocol (icke minimering ringartefakter) och voxelupplösningen var 23.9 µm. Detaljerade inställningar finns angivna i den tillhörande artikeln.
2. Materialise Mimics och Drishti-filer (segmentering)
3. STL-filer
4. 3D PDF-filer
I Mimics användes varje enskild struktur som motsvarar en mask för att generera ett högkvalitativt 3D-objekt, som i sig omvandlades till en STL-fil. STL-filerna importerades sedan till Materialise 3-matic (v. 15.0) och Blender (v. 2.82). Varje STL-yta förenklades sedan och korrigerades med hjälp av följande funktioner: "reduce number of triangles" (geometrical error 0.1, preservation of surface contours) och "smoothing" (factor 0.1). Till slut genererades en 3D PDF-fil och den kan öppnas i Adobe Acrobat.”
för följande exemplar
a. NHMUK PV P 59686
Rhizodontida indet. (främre koronoid med huggtand, en indet. ansiktsben), Dipnoi indet. (vänster underkäke tandplatta), Bothriolepis dairbhrensis (indet anatomical element och Ml2, icke analyserat i artikeln). Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic och Blender. Referenskubens kanter är 10 mm.
b. NMING:F35232
Holoptychius sp. (dermal scale). Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 1 mm.
**LÄNKAR TILL ANVÄNDA VERKTYG**
MATERIALISE MIMICS and 3-MATIC (segmentering, 3D-modellering):
https://www.materialise.com/en/healthcare/mimics-innovation-suite
DRISHTI (3D-visualisering):
https://github.com/nci/drishti
Ajay Limaye; Drishti: a volume exploration and presentation tool. Proc. SPIE 8506, Developments in X-Ray Tomography VIII, 85060X (October 17, 2012) Visa mindre..
Data innefattar personuppgifter
Nej
Språk
Arter och taxon
Bothriolepis dairbhrensis
Dipnoi
Rhizodontida
Holoptychius
Porolepiformes
Geografisk utbredning
Geografisk beskrivning: Valentia Slate Formation, Iveragh Peninsula, Irland
Ansvarig institution/enhet
Institutionen för organismbiologi
Forskningsområde
Geologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Zoologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Övrig annan naturvetenskap (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Nyckelord
Paleogeografi, Devon, Fossil, Paleozoologi, Stratigrafi, Systematik (biologi), Valentia island, Givetian
Dupret, Byrne, Challands, Hammer, Higgs, Long, Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg. 2023. Non-tetrapod sarcopterygians from the Valentia Slate Formation (Givetian, Devonian) of the Iveragh Peninsula, south-western Ireland: systematic reappraisal and palaeobiogeographic implications. Spanish Journal of Palaeontology 38 (1): 37-46, doi: https://doi.org/10.7203/sjp.26527
DOI:
https://doi.org/10.7203/sjp.26527
Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.