Material av fossila kvastfeniga fiskar (Holoptychius sp., Rhizodontida indet., Dipnoi indet.) från Iveragh-halvön (Irland) - CT-data, 3D-modeller

SND-ID: 2023-84-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.57804/s0tg-cb09

Citering

Skapare/primärforskare

Vincent Dupret - Uppsala universitet orcid

Forskningshuvudman

Uppsala universitet - Institutionen för organismbiologi rorId

Beskrivning

Datasetet är en del av en studie av fossilt fiskmaterial från sydvästra Irland (Sarcopterygii: Dipnoi indet., Rhizodontida indet. och Holoptychius sp.; Givetian på Iveragh-halvön). Data består av datortomografiska bildstaplar och efterföljande arbetsfiler (dvs. segmentering, visualiseringsfiler, STL-filer och 3D PDF-filer).

1. Dataset från datortomografi
På Londons Naturhistoriska Museum gjordes datortomografi på materialet med ett Nikon HMX ST 225-system (Nikon Metrology, Leuven, Belgien), utrustat med ett reflektionsmål av volfram. Detaljerade inställningar justerades för varje exemplar och finns angivna i den tillhörande artikeln (se "Material and Methods"). Exemplaren krävde sammanfogning med hjälp av ett särskilt framtaget NHM-skript skrivet i Octave.
Vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, utfördes skanningen med ett Nikon Metrology XT H 225 ST mikrofokus CT-instrument vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, med 220 kV, 245 µA, 4444 projektioner, 2 bilder per projektion, med 1 mm tennfilter, Fast CT protocol (icke minimering ringartefakter) och voxelupplösningen

... Visa mer..
Datasetet är en del av en studie av fossilt fiskmaterial från sydvästra Irland (Sarcopterygii: Dipnoi indet., Rhizodontida indet. och Holoptychius sp.; Givetian på Iveragh-halvön). Data består av datortomografiska bildstaplar och efterföljande arbetsfiler (dvs. segmentering, visualiseringsfiler, STL-filer och 3D PDF-filer).

1. Dataset från datortomografi
På Londons Naturhistoriska Museum gjordes datortomografi på materialet med ett Nikon HMX ST 225-system (Nikon Metrology, Leuven, Belgien), utrustat med ett reflektionsmål av volfram. Detaljerade inställningar justerades för varje exemplar och finns angivna i den tillhörande artikeln (se "Material and Methods"). Exemplaren krävde sammanfogning med hjälp av ett särskilt framtaget NHM-skript skrivet i Octave.
Vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, utfördes skanningen med ett Nikon Metrology XT H 225 ST mikrofokus CT-instrument vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, med 220 kV, 245 µA, 4444 projektioner, 2 bilder per projektion, med 1 mm tennfilter, Fast CT protocol (icke minimering ringartefakter) och voxelupplösningen var 23.9 µm. Detaljerade inställningar finns angivna i den tillhörande artikeln.

2. Materialise Mimics och Drishti-filer (segmentering)

3. STL-filer

4. 3D PDF-filer
I Mimics användes varje enskild struktur som motsvarar en mask för att generera ett högkvalitativt 3D-objekt, som i sig omvandlades till en STL-fil. STL-filerna importerades sedan till Materialise 3-matic (v. 15.0) och Blender (v. 2.82). Varje STL-yta förenklades sedan och korrigerades med hjälp av följande funktioner: "reduce number of triangles" (geometrical error 0.1, preservation of surface contours) och "smoothing" (factor 0.1). Till slut genererades en 3D PDF-fil och den kan öppnas i Adobe Acrobat.”

för följande exemplar
a. NHMUK PV P 59686
Rhizodontida indet. (främre koronoid med huggtand, en indet. ansiktsben), Dipnoi indet. (vänster underkäke tandplatta), Bothriolepis dairbhrensis (indet anatomical element och Ml2, icke analyserat i artikeln). Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic och Blender. Referenskubens kanter är 10 mm.

b. NMING:F35232
Holoptychius sp. (dermal scale). Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 1 mm.


**LÄNKAR TILL ANVÄNDA VERKTYG**
MATERIALISE MIMICS and 3-MATIC (segmentering, 3D-modellering):
https://www.materialise.com/en/healthcare/mimics-innovation-suite

DRISHTI (3D-visualisering):
https://github.com/nci/drishti
Ajay Limaye; Drishti: a volume exploration and presentation tool. Proc. SPIE 8506, Developments in X-Ray Tomography VIII, 85060X (October 17, 2012) Visa mindre..

Data innefattar personuppgifter

Nej

Språk

Datainsamling
Geografisk täckning

Geografisk utbredning

Geografisk beskrivning: Valentia Slate Formation, Iveragh Peninsula, Irland

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för organismbiologi

Finansiering 1

  • Finansiär: Knut och Alice Wallenbergs stiftelse rorId

Finansiering 2

  • Finansiär: Europeiska forskningsrådet (ERC) rorId
  • Diarienummer hos finansiär: ERC-2020-ADG 101019613
Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Geologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Zoologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Övrig annan naturvetenskap (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Publikationer

Dupret, Byrne, Challands, Hammer, Higgs, Long, Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg. 2023. Non-tetrapod sarcopterygians from the Valentia Slate Formation (Givetian, Devonian) of the Iveragh Peninsula, south-western Ireland: systematic reappraisal and palaeobiogeographic implications. Spanish Journal of Palaeontology 38 (1): 37-46, doi: https://doi.org/10.7203/sjp.26527
DOI: https://doi.org/10.7203/sjp.26527

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Publicerad: 2023-05-31
Senast uppdaterad: 2023-06-21