Bothriolepis (Placodermi, Arthrodira) från Iveragh-halvön (Irland) - CT-data, 3D-modeller, och fylogenetiska filer

Datasetet hänger samman med en studie av fossilt fiskmaterial från sydvästra Irland (Placodermi, Antiarchi; Givetian på Iveragh-halvön). Data består av SEM-elementkartläggning (avsnitt 1), datortomografiska bildstaplar och efterföljande arbetsfiler (dvs. segmentering, visualiseringsfiler, STL-filer och 3D PDF-filer; avsnitt 2-5), samt fylogenetiska analyser relaterade till släktet Bothriolepis som studerats i artikeln (avsnitt 6).
* Zoobank LSID för artikeln: urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F
* Zoobank LSID för taxon Bothriolepis dairbhrensis: urn:lsid:zoobank.org:act:B577F075-1EF6-48A5-8C7C-E64E36E2BC4E

Data som motsvarar artikeln

Dupret, Byrne, Castro, Hammer, Higgs, Long, Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg. In Press. The Bothriolepis (Placodermi, Antiarcha) material from the Valentia Slate Formation of the Iveragh Peninsula (middle Givetian, Ireland): morphology, evolutionary and systematic considerations, phylogenetic and palaeogeographic implications. PLOS ONE.
med LSID urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F
och arten Bothriolepis dairbhrensis Dupret, Byrne, Castro, Hammer, Higgs, Long, Gzegorz Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg
med LSID urn:lsid:zoobank.org:act:B577F075-1EF6-48A5-8C7C-E64E36E2BC4E

består av följande filer:

1. Elementaranalys (SEM)
utrustning: Hitachi S–3600N svepelektronmikroskop (SEM); JPG-filerna är originalutdata.

2. Dataset från datortomografi
I London kördes datortomografi på materialet med ett Nikon HMX ST 225-system (Nikon Metrology, Leuven, Belgien), utrustat med ett reflektionsmål av volfram. Detaljerade inställningsfiler justerades för varje exemplar och finns angivna i den tillhörande dokumentationsfilen "S2 Table-scan properties.xlsx". Två exemplar krävde sammanfogning med hjälp av ett särskilt framtaget NHM-skript skrivet i Octave. I Oslo utfördes skanningen med ett Nikon Metrology XT H 225 ST mikrofokus CT-instrument vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, med 160-220 kV, 1 s exponeringstid, 3016 projektioner och med tennfilter av varierande tjocklek. Voxelupplösningen var 75 µm eller bättre. Detaljerade inställningar finns även här angivna i den tillhörande dokumentationsfilen "S2 Table-scan properties.xlsx".

3. Materialise Mimics och Drishti-filer (segmentering)

4. STL-filer

5. 3D PDF-filer
I Mimics användes varje enskild struktur som motsvarar en mask för att generera ett högkvalitativt 3D-objekt, som i sig omvandlades till en STL-fil. Varje 3D-objekt duplicerades och positionerades om i 3D, och STL-filer genererades åter. STL-filerna importerades sedan till Materialise 3-matic (v. 15.0) och omorganiserades till anatomiska ensembler (huvud, fena, etc.) i både ursprungliga och korrekta positioner. Varje STL-yta förenklades sedan och korrigerades med hjälp av följande funktioner: "Filter Sharp Triangles" med filter distance 0,01; "Filter Small Edges" med filter distance 0,01; "Improve Mesh" med shape quality high/medium, maximum geometrical error 0,07 och maximal edge length 20,0. En 3D PDF-fil genererades till slut och öppnades i Adobe Acrobat för att ta bilder som används i figurer i den relaterade artikeln.

för följande exemplar
a. NMING:F35203-UU210ab_HQ
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Ofullständig lateralplatta och fragment av obestämd platta. Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 10 mm.
Notera att i Mimics-projektfilerna för detta exemplar är µm av misstag angivet som måttreferens när det skall vara mm (millimeter). All annan bearbetning har skett med förutsättningarna att måttreferensen är i millimeter.

b. NMING:F35229-CH003
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Sammansättning av obestämd platta och obestämda asätande gastropoder. Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 10 mm.

c. NMING:F35216-UU SFB001
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Proximalt segment av bröstfenan, med AVL och ledkondyl. [ORG] motsvarar plattor i ursprunglig position; [RELOC] motsvarar plattor som flyttats till livsläge. Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 10 mm.

d. NHM P 59677 (komplett, ORG-slut RELOC-filer)
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Ofullständigt huvud (och endokraniella processer), ventralt kroppspansar och proximalt segment av bröstfenan. [ORG] motsvarar plattor i ursprunglig position; [RELOC] motsvarar plattor som flyttats till livsläge. Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 10 mm.

e. NHM P 59678
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Ofullständiga laterala och obestämda plattor av en vuxen individ. Referenskubens kanter är 10 mm.

f. NHM P 59679
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Två obestämda fragment. Referenskubens kanter är 10 mm.

g. NHM P 59687
Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Obestämda fragment och hålor. Referenskubens kanter är 10 mm.


6. taxon*karaktär-matriser med olika uppsättningar av analyser (läsbara i MESQUITE)


**LÄNKAR TILL ANVÄNDA VERKTYG**
MESQUITE (konstruktion av datamatris, visualisering)
https://www.mesquiteproject.org/
https://github.com/MesquiteProject/
Maddison, W. P. and D.R. Maddison. 2021. Mesquite: a modular system for evolutionary analysis. Version 3.70 http://www.mesquiteproject.org

ZEPHYR (Mesquite-paket för interaktion med externa fylogeni-inferensprogram)
http://zephyr.mesquiteproject.org/
Maddison, D.R., & W.P. Maddison. 2021. Zephyr: a Mesquite package for interacting with external phylogeny inference programs. Version 3.20. http://zephyr.mesquiteproject.org

TNT (fylogenetisk analys)
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1096-0031.2008.00217.x
Goloboff, P.A., Farris, J.S. and Nixon, K.C. (2008), TNT, a free program for phylogenetic analysis. Cladistics, 24: 774-786. https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.2008.00217.x

MATERIALISE MIMICS and 3-MATIC (segmentering, 3D-modellering):
https://www.materialise.com/en/healthcare/mimics-innovation-suite

DRISHTI (3D-visualisering):
https://github.com/nci/drishti
Ajay Limaye; Drishti: a volume exploration and presentation tool. Proc. SPIE 8506, Developments in X-Ray Tomography VIII, 85060X (October 17, 2012) Visa mindre..