Whole-genome sequencing of follicular thyroid carcinomas reveal recurrent mutations in microRNA processing subunit DGCR8

SND-ID: 2021-108-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.5878/6fcv-1795

Tillhörande dokumentation

Citering

Skapare/primärforskare

Christofer Juhlin - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi och Patologi orcid

Johan Paulsson - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi och Patologi

Forskningshuvudman

Karolinska Institutet - Institutionen för Onkologi och Patologi rorId

Beskrivning

Tillgänglighet för data
Datasetet kan endast delas inom Sverige på grund av juridiska restriktioner.

Bakgrund
Det fullständiga genomiska och transkriptomiska landskapet i widely invasive follikulära tyreoideacancrar är ännu ej helt kartlagt och en stor andel av dessa tumörer har ingen identifierad driver. Målet med denna studie var att identifiera fler drivers.
Metod
Studien innefattar helgenom- och transkriptomsekvensering samt bioinformatiska analyser av 13 stycken fall av widely invasive follikulära tyreoideacancrar med parad normal vävnad.
Resultat
Tio av tretton tumörer visade mutationer i tyreoideacancer-relaterade gener, TERT (n=4), NRAS (n=3), HRAS, KRAS, AKT, PTEN, PIK3CA, MUTYH and MEN1 (n=1 each). MutSig2CV-analysen visade signifikant återkommande mutationer i FAM72D (n=3), TP53 (n=3), EIF1AX (n=3), och DGCR8 (n=2). Båda DGCR8-mutationerna var p.E518K missense som är en mutation som visats orsaka ärftlig multinodös struma genom dysreglering av mikro-RNA-maskineriet. Inga fler DGCR8-mutationer hittades i en utökad kohort av follikulära tumörer men expressionsanalys visade signifikan

... Visa mer..
Tillgänglighet för data
Datasetet kan endast delas inom Sverige på grund av juridiska restriktioner.

Bakgrund
Det fullständiga genomiska och transkriptomiska landskapet i widely invasive follikulära tyreoideacancrar är ännu ej helt kartlagt och en stor andel av dessa tumörer har ingen identifierad driver. Målet med denna studie var att identifiera fler drivers.
Metod
Studien innefattar helgenom- och transkriptomsekvensering samt bioinformatiska analyser av 13 stycken fall av widely invasive follikulära tyreoideacancrar med parad normal vävnad.
Resultat
Tio av tretton tumörer visade mutationer i tyreoideacancer-relaterade gener, TERT (n=4), NRAS (n=3), HRAS, KRAS, AKT, PTEN, PIK3CA, MUTYH and MEN1 (n=1 each). MutSig2CV-analysen visade signifikant återkommande mutationer i FAM72D (n=3), TP53 (n=3), EIF1AX (n=3), och DGCR8 (n=2). Båda DGCR8-mutationerna var p.E518K missense som är en mutation som visats orsaka ärftlig multinodös struma genom dysreglering av mikro-RNA-maskineriet. Inga fler DGCR8-mutationer hittades i en utökad kohort av follikulära tumörer men expressionsanalys visade signifikant nedreglerad DGCR8-uttryck i maligna jämfört med benigna follikulära tumörer. Vidare visade kopieantalsanalys återkommande amplifiering av cytoband på kromosom 4, 6 och 10.
Konklusion
Sammanfattningsvis presenterar vi det fullständiga genomiska och transkriptomiska landskapet i widely invasive follikulära tyreoideacancrar och vi identifierade återkommande mutationer och kopieantalsförändringar som kan utgöra viktiga faktorer i tumörutvecklingen av dessa tumörer.

Datasetet består av tabeller och listor med underliggande data samt kompletterande bilder, för ett manuskript skickat till "Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism". Det innehåller 8 tabeller och 3 bilder:

Filnamn: T1_Detailed-characteristics-of-the-study-cohort.csv
Innehåller "Table 1: Detailed characteristics of the study cohort." 

File name: T2_List-of-Somatic-SNVs.csv
Innehåller "Table 2: List of Somatic SNV's (Small nucleotide variants)." 

Filnamn: T3_MutSig2CV-input-genes.csv
Innehåller "Table 3: MutSig2CV input genes." 

Filnamn: T4_MutSig2CV-genes-ranked-by-p-value.csv
Innehåller "Table 4: MutSig2CV genes ranked by p-value."

Filnamn: T5_Genes-in-copy-number-altered-minimal-region-of-amplification.csv
Innehåller "Table 5: List of genes in copy number altered minimal region of amplification." 

Filnamn: T6_Aberrant-cell-fraction-and-ploidy-as-determined-by-ASCAT.csv
Innehåller "Table 6: Aberrant cell fraction and ploidy as determined by ASCAT." 

Filnamn: T7_High-confidence-structural-variations-in-the-tumor-cohort.csv
Innehåller "Table 7: List of high-confidence structural variations in the tumor cohort." 

Filnamn: T8_Significant-differentially-expressed-genes-in-tumor-vs-normal-thyroid.csv
Innehåller "Table 8: List of significant differentially expressed genes in tumor versus normal thyroid."

Filnamn: List_of_variables.pdf
Innehåller Variabellista med metadata och förkortningsuttydningar för Table 1-8.

Filnamn: Whole-genome-sequencing-follicular-thyroid-carcinomas_Figures.pdf
Innehåller Supplementary Figure S1-S3:
- Supplementary Figure S1: Somatic mutational overview in the WGS cohort. 
- Supplementary Figure S2: Normalized DGCR8 mRNA expression in tumours with or without loss of heterozygosity (LOH) of the DGCR8 locus. 
- Supplementary Figure S3: a Gene set enrichment analysis (GSEA). Visa mindre..

Data innefattar personuppgifter

Ja

Data innehåller känsliga personuppgifter

Ja

Kodnyckel existerar

Ja

Språk

Metod och utfall

Population

Studien inkluderade 13 fall av patienter med follikulär tyreoideacancer. Samtliga fall diagnosticerades på Karolinska Universitetssjukhuset.

Studiedesign

Experimentell studie

Beskrivning av studiedesign

Helgenomsekvensering samt transkriptomsekvensering av 13 stycken tumörer med parad normal vävnad.

Studie kopplad till biobank

Studien har använt befintliga prover/material från en vetenskaplig samling eller biobank

Namn på vetenskaplig samling/biobank: KI Biobank

Typ(er) av prov: tumörvävnad

Antal individer/objekt

13

Dataformat / datastruktur

Datainsamling
  • Insamlingsmetod: Mätningar och tester
  • Datakälla: Biologiska prover
Geografisk täckning

Geografisk utbredning

Geografisk plats: Sverige

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för Onkologi och Patologi

Medverkande

Sebastian DiLorenzo - Uppsala Universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi / Institutionen för cell- och molekylärbiologi

Jan Zedenius - Karolinska Institutet, Institutionen för molekylär medicin och kirurgi orcid

Felix Haglund - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-Patologi

Yi Chen - Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi och Patologi

Nima Rafati - Uppsala Universitet, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi / Institutionen för cell- och molekylärbiologi

Etikprövning

Stockholm - dnr Dnr 2015/959-31

Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Genetik (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Medicinsk genetik (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Cell- och molekylärbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Cancer och onkologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Endokrinologi och diabetes (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Kirurgi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Publikationer

Paulsson, J. O., Rafati, N., DiLorenzo, S., Chen, Y., Haglund, F., Zedenius, J., & Juhlin, C. C. (n.d.). Whole-genome Sequencing of Follicular Thyroid Carcinomas Reveal Recurrent Mutations in MicroRNA Processing Subunit DGCR8. In Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism (Vol. 106, Issue 11, pp. 3265–3282). https://doi.org/10.1210/clinem/dgab471
DOI: https://doi.org/10.1210/clinem/dgab471
SwePub: oai:DiVA.org:uu-459861

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Versioner

Version 1. 2021-06-24

Version 1: 2021-06-24

DOI: https://doi.org/10.5878/6fcv-1795

Kontakt för frågor om data

Johan Paulsson

johan.paulsson@ki.se

Denna resurs har följande relationer

Publicerad: 2021-06-24
Senast uppdaterad: 2024-07-04