Datafilerna innehåller proteinmodellstrukturer som .pdb file format (Protein Data Bank) för enzymet "2-oxoglutarate dehydrogenase/decarboxylase" av olika Frankia-arter, i relation till publikationen. Dessa proteinmodeller genererades i silico på SWISS-Model-webbplatsen, med användning av kristallstrukturen för Mycobacterium smegmatis (referens A0R2B1) och Staphylococcus epidermis (referens Q5HPC6) är mallar. Modelleringen utfördes med hjälp av standardparametrar, som beskrivs av webbplatsens instruktioner. Indata, nämligen aminosyrasekvenser, hämtades från The National Center for Biotechnology Information (NCBI, Genbank) med användning av en pBLAST-sökning för att identifiera aminosyrasekvensen från olika Frankia-arter. Motsvarande referenser för att hitta dessa sekvenser finns tillgängliga som dokumentationfiler och i tilläggsdata för det associerade manuskriptet på tidskriftens webbplats. Var och en av .pdb-filerna innehåller information om en Frankia-art och är uppkallad efter motsvarande art. Till exempel hänvisar datafilen Falni till modellen byggd för proteinet från Frankia alni. Dessa p

... Visa mer..

Data innefattar personuppgifter

Nej

Språk

Engelska

Metod och utfall

Tidsperiod(er) som undersökts

2021-09 – 2022-03

Dataformat / datastruktur

Övrigt

Arter och taxon

Frankia

Datainsamling

Insamlingsmetod: Webbaserat experiment
Beskrivning av insamlingsmetod: I silicoproteinmodellering: vi laddade upp befintliga data, nämligen aminosyrasekvenser, till SWISS-modellportalen. Här förutsäger programvaran proteinets 3D-struktur. Datan laddades sedan ner som .pdb-filer som kan användas i speciell programvara för att öppna och visualisera proteinstrukturen.
Tidsperiod(er) för datainsamling: 2021-09 – 2022-03
Datakälla: Forskningsdata: Publicerade, Forskningsdata

Geografisk täckning

Geografisk utbredning

Geografisk beskrivning: Modellorganismerna förekommer överallt över hela världen, och specificerad geografisk plats är därför irrelevant. Datauppsättningen, beskrivningen och analyserna påverkas inte av geografisk plats.

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för växtproduktionsekologi

Övriga forskningshuvudmän

Stockholms universitet

Finansiering 1

Finansiär: Vetenskapsrådet
Diarienummer hos finansiär: VR2012-03061

Finansiering 2

Finansiär: Swedish Research Council
Diarienummer hos finansiär: VR2019-05540

Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Bioinformatik (beräkningsbiologi) (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Nyckelord

Kol, Bacteria, Kväve, Bioinformatik, Proteinmodellering, Frankia

Publikationer

Berckx, F., Nguyen, TV., Hilker, R., Wibberg, D., Battenberg, K., Kalinowski, J., Berry, A., Pawlowski, K. (2024). Host dependent specialized metabolism of nitrogen export in actinorhizal nodules induced by Frankia cluster-2. Journal of Experimental Botany: erae446. https://doi.org/10.1093/jxb/erae446
DOI: https://doi.org/10.1093/jxb/erae446

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.