Transkriptomikdata på humana PSC odlade under olika förhållanden
SND-ID: 2024-505. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.48723/fr58-f782
Tillhörande dokumentation
Citering
Skapare/primärforskare
Anna Falk
- Karolinska Institutet, Institutionen för neurovetenskap
Forskningshuvudman
Karolinska Institutet
- Institutionen för neurovetenskap
Beskrivning
Data innehåller transkriptomiska signaturer av pluripotenta stamcell-linjer från humana donatorer, uppmätta med Illumina Gene Expression HT12 Direct Hybridization assay (Illumina HT 12v.4). Humana inducerade pluripotenta stamceller (iPSC) och embryonala stamceller (ESC) odlades under antingen odefinierad eller definierad och xenofri kultur, eller överförd från odefinierade till definierade kultur. Dessa benämns som feeder, laminin och transfer tabellen över proverna, respektive. Hudbiopsier samlades in efter samtycke från donatorer för modellering av tidig human utveckling. Donatorproverna omprogrammerades till iPCS och transkriptomanalyser utfördes för att kvalitetstesta de pluripotenta stamcellerna.
Datasetet består av 115 filer i IDAT-format och en i CSV-format.
Datasetets totala storlek är ungefär 335 MB.
Data innefattar personuppgifter
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter
Ja
Typ av personuppgifter
Pseudo-anonymiserade ID på biologiska prover, kön
Kodnyckel existerar
Ja
Språk
Population
Donatorer av hudceller kommer från kohorter av patienter inom neurologi, ASD, rare diseases, neurodevelopmental disorders, och friska donatorer. Cellerna som användes i studien kommer donatormaterial insamlat från 2012 och framåt från kohorter med 100-400 individer insamlade i Sverige. Hudbiopsier är insamlade från donatorer efter samtycke till forskning om modellering av tidig human utveckling.
Studiedesign
Preklinisk studie
Beskrivning av studiedesign
Syftet med studien var att se hur mycket av variationen i genuttryck som kan förklaras av odlingsbetingelser därför har jämförelser gjorts mellan så många celler som möjligt från olika ursprung. Donatorproverna omprogrammerades till iPCS och transkriptomanalyser utfördes för att kvalitetstesta de pluripotenta stamcellerna. Etableringen av iPSC har gjorts mellan 2012-2019.
Urvalsmetod
Icke-sannolikhetsurval: syftesurval
Dataformat / datastruktur
Ansvarig institution/enhet
Institutionen för neurovetenskap
Medverkande
Benjamin Ulfenborg
- Högskolan i Skövde, Institutionen för biovetenskap
Ilse Eidhof
- Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik
Finansiering 1
-
Finansiär:
Vetenskapsrådet
- Diarienummer hos finansiär: 2017-03407
- Projektnamn på ansökan: Fate choices by neural stem cells and the effect on psychiatric disorders
Finansiering 2
-
Finansiär:
Vetenskapsrådet
- Diarienummer hos finansiär: 2019-01498
- Projektnamn på ansökan: Fate choices by neural stem cells
Finansiering 3
-
Finansiär:
Hjärnfonden
- Diarienummer hos finansiär: FO2019-0246
- Projektnamn på ansökan: Fate choice mechanisms by Neural Stem Cells causing Psychiatric Disorders
Etikprövning
Stockholm - dnr 2012/208-31/3
Ethical approval for reprogramming of human cells where all samples have been taken from donors with approved informed consent.
Forskningsområde
Medicinsk bioteknologi (inriktn. mot cellbiologi (inkl. stamcellsbiologi), molekylärbiologi, mikrobiologi, biokemi eller biofarmaci) (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
