Felix Pleiss - Högskolan i Skövde, Sverige och Museum Koenig, Bonn, Tyskland, Institutione för Biovetenskap/Skövde, Leibnitz Institut för Analyser av Biodiversitetsförändringar/Tyskland

Kathrin Langen - Museum Koenig, Bonn, Tyskland, Leibnitz Institut för Analyser av Biodiversitetsförändringar/Tyskland

... Visa mer..

Sonja Leidenberger - Högskolan i Skövde

Vollrath Wiese - Haus der Natur - Cismar, Tyskland

Finja Schaumann - Högskolan i Skövde, Institutionen för Biovetenskap

Felix Pleiss - Högskolan i Skövde, Sverige och Museum Koenig, Bonn, Tyskland, Institutione för Biovetenskap/Skövde, Leibnitz Institut för Analyser av Biodiversitetsförändringar/Tyskland

Kathrin Langen - Museum Koenig, Bonn, Tyskland, Leibnitz Institut för Analyser av Biodiversitetsförändringar/Tyskland

Sarah J. Bourlat - Museum Koenig, Bonn, Tyskland, Leibnitz Institut för Analyser av Biodiversitetsförändringar/Tyskland

Visa mindre..

Forskningshuvudman

Högskolan i Skövde - Insitutionen för Biovetenskap

Diarienummer hos huvudman

FP2018/20

Beskrivning

Uppgifterna tillhör studien Freshwater mollusc community screening - classical and eDNA monitoring methods to detect rare, indicator and invasive species. Tabeller och figurer representerar i detalj resultat från provorterna för 15 svenska sjöar och älvar. Studien fokuserade på planktonprover och två sorters sedimentprover (Kick-net och M42 metoden) vid två provtagningstillfällen (vår och höst). Arter hittades genom a) klassiska morfologiska studier där sötvattensmollusker bestämdes för hand med ett stereolupe; b) med streckkodning av cytochrome c oxidase subunit I (COI) och c) genom eDNA metabarcoding analys (Illumina sekvensering). Huvudfokus låg på ärtmusslor, men även andra bentiska sötvattensmollusker och organismer kunde påvisas. COI streckkodsdata analyserades för ett streckkodsträd med software MEGA version 11.0.13 (https://www.megasoftware.net/) (Stecher et al., 2020). Metabarcoding data analyserades med software Apscale pipeline (https://github.com/DominikBuchner/apscale, Buchner et al., 2022).

Data innefattar personuppgifter

Nej

Språk

Engelska

Metod och utfall

Tidsperiod(er) som undersökts

2019-09 – 2021-07

Studie kopplad till biobank

Studien har samlat in nya prover/material som bevaras i en vetenskaplig samling eller biobank

Namn på vetenskaplig samling/biobank: Göteborgs Naturhistoriska Museum

Typ(er) av prov: Vävnadsprover från barcodade individer samt vouchermaterial som samlades (sötvattenmollusker)

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Text

Geospatiala

Arter och taxon

Sphaeriidae
Pisidium
Veneroida
Bivalves
Euglesa
Odhneripisidium

Datainsamling

Insamlingsmetod: Fältexperiment
Beskrivning av insamlingsmetod:
Materialet samlades in med hjälp av tre olika metoder längs med en 50 m linjetransekt vid varje vattendrag:
1) Plankton nät: zooplankton nät, 200 um storlek, dragen i en halv cirkel vid 0, 25 och 50 meter
2) Kick-nät: Wildcon D-nät, 500 um, vertikal framför insamlares fötter, vid 0, 25 och 50 meter
3) Svensk M42 metoden för övervakning av Bottenfauna i sjöars littoral och vattendrag - oberoende urval Version 1:2, 2016-11-01 (Havs- och Vattenmyndigheten), med 30 delprover längs med transeketen.

Proverna förvarades i en 500ml LDPE flaskan (VWR) med 96% etanol i en kylbox i fält och sen förvarat i en -20 °C frys i labbet tills DNA extraktion genomfördes.
Tidsperiod(er) för datainsamling: 2019-09 – 2021-07
Datainsamlare: Högskolan i Skövde

Geografisk täckning

Geografisk utbredning

Geografisk plats: Sverige

Geografisk beskrivning: Sjövar och älvar i Sverige - region Norrbotten (Öst-Kieratj, Harrijåkkå, Aborrträsket), Bohuslän (Aröds å, Bodeleån, Risån, Nedre Bäveån, Stora Skarsjön, Ivarsbosjön, Stora Tokevattnet, Restevattnet), Skaraborg (Flämsjön, Stora Bjursjön, Vristulven, Östen)

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Insitutionen för Biovetenskap

Finansiering

Finansiär: Formas
Diarienummer hos finansiär: 2018-01003_Formas
Projektnamn på ansökan: Stoppa biodiversitetsförlusten genom förbättrad spårning av hotade evertebrater

Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Biologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Biokemi och molekylärbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Zoologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Ekologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Biologi och ekologi (INSPIRE topic categories)

Nyckelord

Freshwater ecosystems, Biogeografiska regioner, Naturtyper och biotoper, Arters utbredning, Bentiska evertebrater, Edna metabarcoding, Ärtmusslor, Sverige, Sällsynta arter, Invasive främmande arter, Sötvatten musslor, Indikator arter, Sötvatten övevakning, Barcoding

Publikationer

Authors: Sonja Leidenberger, Vollrath Wiese, Finja Schaumann, Felix Pleiss, Kathrin Langen, Sarah J. Bourlat
Journal: Science of the Total Environment

accepted
DOI: https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2024.177763

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Publicerad: 2024-12-10