Startstrukturer och NMR- och simuleringsrelaxationsdata för de strukturella ensemblerna av Dengue-proteas NS2B/NS3pro
SND-ID: 2023-244. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.5878/5wea-fk76
Ladda ner data
amber_input_simulation_parameters.in (1.43 KB)
S135A_G2_Methyl_Fig3.tsv (20.49 KB)
S135A_NS2B_NOE_Fig2.tsv (3.96 KB)
S135A_NS2B_R1_Fig2.tsv (4.96 KB)
S135A_NS2B_R2_Fig2.tsv (5.31 KB)
S135A_NS3_NOE_Fig2.tsv (14 KB)
... Visa mer..amber_input_simulation_parameters.in (1.43 KB)
S135A_G2_Methyl_Fig3.tsv (20.49 KB)
S135A_NS2B_NOE_Fig2.tsv (3.96 KB)
S135A_NS2B_R1_Fig2.tsv (4.96 KB)
S135A_NS2B_R2_Fig2.tsv (5.31 KB)
S135A_NS3_NOE_Fig2.tsv (14 KB)
S135A_NS3_R1_Fig2.tsv (14.11 KB)
S135A_NS3_R2_Fig2.tsv (15.23 KB)
S135A_R1_Methyl_Fig3.tsv (12.72 KB)
Visa mindre..Ladda ner alla filer
Citering
Skapare/primärforskare
Peter Agback - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för molekylära vetenskaper
Tatiana Agback - Sveriges lantbruksuniversitet, Inst för molekylära vetensakper
Dmitry Lesovoy - Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry RAS, Department of Structural Biology
Xiao Han - Karolinska Institute, Department of Medicine
Alexander Lomzov - Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine SB RAS, Laboratory for Structural Biology
... Visa mer..Peter Agback - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för molekylära vetenskaper
Tatiana Agback - Sveriges lantbruksuniversitet, Inst för molekylära vetensakper
Dmitry Lesovoy - Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry RAS, Department of Structural Biology
Xiao Han - Karolinska Institute, Department of Medicine
Alexander Lomzov - Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine SB RAS, Laboratory for Structural Biology
Renhua Sun - Karolinska Institute, Department of Medicine
Tatyana Sandalova - Karolinska Institute, Department of Medicine
Vladislav Orekhov - Gothenburg University, Swedish NMR Centre
Adnane Achour - Karolinska Institute, Department of Medicine
Visa mindre..Forskningshuvudman
Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för molekylära vetenskaper
Diarienummer hos huvudman
SLU.molsci.2023.4.4..IÄ-12
Beskrivning
Dengueproteaset NS2B/NS3pro har rapporterats anta antingen en "öppen" eller en "stängd" konformation. Vi har utvecklat ett konformationsfilter som kombinerar kärnmagnetisk resonans (NMR) med molekylär dynamiska (MD)-simuleringar för att identifiera konformationella ensembler som dominerar i lösning. Experimentella värden härledda från relaxationsparametrar för ryggraden och metylsidokedjorna jämfördes med motsvarande beräknade relaxationsparametrar för olika konformationella ensembler erhållna från fria MD-simuleringar. Våra resultat visar en hög prevalens för den "slutna" konformationsensemblen medan den "öppna" konformationen är frånvarande, vilket indikerar att den senare konformationen troligen beror på kristallkontakter. Omvänt identifierades konformationella ensembler där positioneringen av kofaktorn NS2B resulterar i en "delvis" öppen konformation, som tidigare beskrivits i både MD-simuleringar och röntgenstudier, av vårt konformationsfilter. Sammantaget tror vi att vårt tillvägagångssätt möjliggör entydig identifiering av verkliga konformationella ensembler, ett viktigt steg för tillfö
... Visa mer..Data innefattar personuppgifter
Nej
Språk
Tidsperiod(er) som undersökts
2018-01-01 – 2022-12-31
Arter och taxon
Ansvarig institution/enhet
Institutionen för molekylära vetenskaper
Övriga forskningshuvudmän
Forskningsområde
Bioinformatik (beräkningsbiologi) (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Annan fysik (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Strukturbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Agback, T., Lesovoy, D., Han, X., Lomzov, A., Sun, R., Sandalova, T., Yu, V., Adnane Achour, O., Agback, P. (2023). Combined NMR and molecular dynamics conformational filter identifies unambiguously dynamic ensembles of Dengue protease NS2B/NS3pro. Communications Biology 6:1193.
DOI:
https://doi.org/10.1038/s42003-023-05584-6
Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.