Dengueproteaset NS2B/NS3pro har rapporterats anta antingen en "öppen" eller en "stängd" konformation. Vi har utvecklat ett konformationsfilter som kombinerar kärnmagnetisk resonans (NMR) med molekylär dynamiska (MD)-simuleringar för att identifiera konformationella ensembler som dominerar i lösning. Experimentella värden härledda från relaxationsparametrar för ryggraden och metylsidokedjorna jämfördes med motsvarande beräknade relaxationsparametrar för olika konformationella ensembler erhållna från fria MD-simuleringar. Våra resultat visar en hög prevalens för den "slutna" konformationsensemblen medan den "öppna" konformationen är frånvarande, vilket indikerar att den senare konformationen troligen beror på kristallkontakter. Omvänt identifierades konformationella ensembler där positioneringen av kofaktorn NS2B resulterar i en "delvis" öppen konformation, som tidigare beskrivits i både MD-simuleringar och röntgenstudier, av vårt konformationsfilter. Sammantaget tror vi att vårt tillvägagångssätt möjliggör entydig identifiering av verkliga konformationella ensembler, ett viktigt steg för tillfö

... Visa mer..

Data innefattar personuppgifter

Nej

Språk

Engelska

Metod och utfall

Tidsperiod(er) som undersökts

2018-01-01 – 2022-12-31

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Text

Arter och taxon

Dengue virus

Datainsamling

Insamlingsmetod: Experiment
Beskrivning av insamlingsmetod: NMR och MD relaxation studie av NS2B/NS3pro proteas från Dengue
Tidsperiod(er) för datainsamling: 2018 – 2022
Datainsamlare: Sveriges lantbruksuniversitet
Instrument: NMR spektrometer - 600 och 800MHz spekrometrar
Prov: NS2B/NS3pro
proteas från Dengue
Datakälla: Biologiska prover

Geografisk täckning

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för molekylära vetenskaper

Övriga forskningshuvudmän

Göteborgs universitet

Finansiering 1

Finansiär: Cancerfonden
Diarienummer hos finansiär: 21 1605 Pj01H

Finansiering 2

Finansiär: Vetenskapsrådet
Diarienummer hos finansiär: 2021-05061

Finansiering 3

Finansiär: Vetenskapsrådet
Diarienummer hos finansiär: 2019-03561

Finansiering 4

Finansiär: Stiftelsen för strategisk forskning
Diarienummer hos finansiär: ITM17-0218
Projektnamn på ansökan: Innovative experimental modelling of dynamic protein states.

Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Bioinformatik (beräkningsbiologi) (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Annan fysik (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Strukturbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Nyckelord

Nmr-spektroskopi, Molekyldynamik, Nuclear magnetic resonance, Dengue 2 virus, Proteiners ryggradsdynamik, Md beräkningar av relaxationsparametrar, Nmr, Md

Publikationer

Agback, T., Lesovoy, D., Han, X., Lomzov, A., Sun, R., Sandalova, T., Yu, V., Adnane Achour, O., Agback, P. (2023). Combined NMR and molecular dynamics conformational filter identifies unambiguously dynamic ensembles of Dengue protease NS2B/NS3pro. Communications Biology 6:1193.
DOI: https://doi.org/10.1038/s42003-023-05584-6

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.