Startstrukturer och NMR- och simuleringsrelaxationsdata för de strukturella ensemblerna av Dengue-proteas NS2B/NS3pro

SND-ID: 2023-244. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.5878/5wea-fk76

Citering

Skapare/primärforskare

Peter Agback - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för molekylära vetenskaper orcid

Tatiana Agback - Sveriges lantbruksuniversitet, Inst för molekylära vetensakper

Dmitry Lesovoy - Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry RAS, Department of Structural Biology

Xiao Han - Karolinska Institute, Department of Medicine

Alexander Lomzov - Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine SB RAS, Laboratory for Structural Biology

... Visa mer..

Peter Agback - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för molekylära vetenskaper orcid

Tatiana Agback - Sveriges lantbruksuniversitet, Inst för molekylära vetensakper

Dmitry Lesovoy - Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry RAS, Department of Structural Biology

Xiao Han - Karolinska Institute, Department of Medicine

Alexander Lomzov - Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine SB RAS, Laboratory for Structural Biology

Renhua Sun - Karolinska Institute, Department of Medicine

Tatyana Sandalova - Karolinska Institute, Department of Medicine

Vladislav Orekhov - Gothenburg University, Swedish NMR Centre

Adnane Achour - Karolinska Institute, Department of Medicine

Visa mindre..

Forskningshuvudman

Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för molekylära vetenskaper rorId

Diarienummer hos huvudman

SLU.molsci.2023.4.4..IÄ-12

Beskrivning

Dengueproteaset NS2B/NS3pro har rapporterats anta antingen en "öppen" eller en "stängd" konformation. Vi har utvecklat ett konformationsfilter som kombinerar kärnmagnetisk resonans (NMR) med molekylär dynamiska (MD)-simuleringar för att identifiera konformationella ensembler som dominerar i lösning. Experimentella värden härledda från relaxationsparametrar för ryggraden och metylsidokedjorna jämfördes med motsvarande beräknade relaxationsparametrar för olika konformationella ensembler erhållna från fria MD-simuleringar. Våra resultat visar en hög prevalens för den "slutna" konformationsensemblen medan den "öppna" konformationen är frånvarande, vilket indikerar att den senare konformationen troligen beror på kristallkontakter. Omvänt identifierades konformationella ensembler där positioneringen av kofaktorn NS2B resulterar i en "delvis" öppen konformation, som tidigare beskrivits i både MD-simuleringar och röntgenstudier, av vårt konformationsfilter. Sammantaget tror vi att vårt tillvägagångssätt möjliggör entydig identifiering av verkliga konformationella ensembler, ett viktigt steg för tillfö

... Visa mer..
Dengueproteaset NS2B/NS3pro har rapporterats anta antingen en "öppen" eller en "stängd" konformation. Vi har utvecklat ett konformationsfilter som kombinerar kärnmagnetisk resonans (NMR) med molekylär dynamiska (MD)-simuleringar för att identifiera konformationella ensembler som dominerar i lösning. Experimentella värden härledda från relaxationsparametrar för ryggraden och metylsidokedjorna jämfördes med motsvarande beräknade relaxationsparametrar för olika konformationella ensembler erhållna från fria MD-simuleringar. Våra resultat visar en hög prevalens för den "slutna" konformationsensemblen medan den "öppna" konformationen är frånvarande, vilket indikerar att den senare konformationen troligen beror på kristallkontakter. Omvänt identifierades konformationella ensembler där positioneringen av kofaktorn NS2B resulterar i en "delvis" öppen konformation, som tidigare beskrivits i både MD-simuleringar och röntgenstudier, av vårt konformationsfilter. Sammantaget tror vi att vårt tillvägagångssätt möjliggör entydig identifiering av verkliga konformationella ensembler, ett viktigt steg för tillförlitlig läkemedelsupptäckt. Visa mindre..

Data innefattar personuppgifter

Nej

Språk

Metod och utfall

Tidsperiod(er) som undersökts

2018-01-01 – 2022-12-31

Dataformat / datastruktur

Arter och taxon

Dengue virus

Datainsamling
  • Insamlingsmetod: Experiment
  • Beskrivning av insamlingsmetod: NMR och MD relaxation studie av NS2B/NS3pro proteas från Dengue
  • Tidsperiod(er) för datainsamling: 2018 – 2022
  • Datainsamlare: Sveriges lantbruksuniversitet
  • Instrument: NMR spektrometer - 600 och 800MHz spekrometrar
  • Prov: NS2B/NS3pro
    proteas från Dengue
  • Datakälla: Biologiska prover
Geografisk täckning
Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för molekylära vetenskaper

Övriga forskningshuvudmän

Finansiering 1

  • Finansiär: Cancerfonden rorId
  • Diarienummer hos finansiär: 21 1605 Pj01H

Finansiering 2

  • Finansiär: Vetenskapsrådet rorId
  • Diarienummer hos finansiär: 2021-05061

Finansiering 3

  • Finansiär: Vetenskapsrådet rorId
  • Diarienummer hos finansiär: 2019-03561

Finansiering 4

  • Finansiär: Stiftelsen för strategisk forskning rorId
  • Diarienummer hos finansiär: ITM17-0218
  • Projektnamn på ansökan: Innovative experimental modelling of dynamic protein states.
Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Bioinformatik (beräkningsbiologi) (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Annan fysik (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Strukturbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Publikationer

Agback, T., Lesovoy, D., Han, X., Lomzov, A., Sun, R., Sandalova, T., Yu, V., Adnane Achour, O., Agback, P. (2023). Combined NMR and molecular dynamics conformational filter identifies unambiguously dynamic ensembles of Dengue protease NS2B/NS3pro. Communications Biology 6:1193.
DOI: https://doi.org/10.1038/s42003-023-05584-6

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Versioner

Version 1. 2023-11-29

Version 1: 2023-11-29

DOI: https://doi.org/10.5878/5wea-fk76

Kontakt för frågor om data

Arkiv SLU

arkiv@slu.se

Publicerad: 2023-11-29