Detaljerad beskrivning av bildanalysarbetsflödet, inklusive träningsdata för maskininlärningsmodell, för artikeln: "Phosphate starvation decouples cell differentiation from DNA replication control in the dimorphic bacterium Caulobacter crescentus", Hallgren et al. (2023; PLOS Genetics).

SND-ID: 2023-202. Version: 2. DOI: https://doi.org/10.58141/paxd-vr47

Citering

Alternativ titel

Ilastik image analysis pipeline for Caulobacter crescentus

Skapare/primärforskare

Joel Hallgren - Stockholms universitet, Institutionen för molekylär biovetenskap orcid

Forskningshuvudman

Stockholms universitet - Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut rorId

Beskrivning

Detta dataset innehåller en detaljerad beskrivning av bildanalysproceduren som användes av Hallgren et al. (2023; PLOS Genetics) för att utföra mätningar av individuella celler av bakterien Caulobacter crescentus. Mer specifikt identifierar proceduren individuella C. crescentus-celler i faskontrastmikroskopibilder, annoterar deras celltyp, samt deras storlek och grundläggande morfologiska egenskaper. Proceduren kan till exempel användas för att kvantifiera förhållandet mellan antalet svärmarceller och stjälkceller i en population, mäta storleken av celler och deras stjälkar, samt uppskatta proportionen av celler som genomgår celldelning i en population.

Datasetet inkluderar: (1) projektfiler för programmet ilastik, (2) Python-kod och ImageJ-macros som används för databearbetning, (3) inställningar för ’batch processing’ av bilder med ImageJ-pluginet ’MicrobeJ’, och (4) exempeldata som kan användas för att köra bildanalysen från början till slut. Projektfilerna för ilastik (.ilp-filer) innehåller ’random forest’-maskininlärningsmodellerna som används i analysen, samt de träningsdata som använd

... Visa mer..
Detta dataset innehåller en detaljerad beskrivning av bildanalysproceduren som användes av Hallgren et al. (2023; PLOS Genetics) för att utföra mätningar av individuella celler av bakterien Caulobacter crescentus. Mer specifikt identifierar proceduren individuella C. crescentus-celler i faskontrastmikroskopibilder, annoterar deras celltyp, samt deras storlek och grundläggande morfologiska egenskaper. Proceduren kan till exempel användas för att kvantifiera förhållandet mellan antalet svärmarceller och stjälkceller i en population, mäta storleken av celler och deras stjälkar, samt uppskatta proportionen av celler som genomgår celldelning i en population.

Datasetet inkluderar: (1) projektfiler för programmet ilastik, (2) Python-kod och ImageJ-macros som används för databearbetning, (3) inställningar för ’batch processing’ av bilder med ImageJ-pluginet ’MicrobeJ’, och (4) exempeldata som kan användas för att köra bildanalysen från början till slut. Projektfilerna för ilastik (.ilp-filer) innehåller ’random forest’-maskininlärningsmodellerna som används i analysen, samt de träningsdata som användes för att generera dessa modeller. ’README’-filen innehåller instruktion om hur man kan köra bildanalysproceduren från början till slut.

Även om maskininlärningsmodellerna är tränade på bilder tagna under våra specifika mikroskopiförhållanden, kan informationen som presenteras här användas för att enkelt anpassa en motsvarande bildanalysprocedur i ett nytt laboratorium genom att träna nya ilastik-modeller och modifiera MicrobeJ-inställningarna.

Numeriska data bakom grafer och statistiska analyser i artikeln (Hallgren et al., 2023) har även inkluderats i form av tabulärdata som ett zip-arkiv. Visa mindre..

Data innefattar personuppgifter

Nej

Språk

Datainsamling
Geografisk täckning
Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut

Medverkande

Joel Hallgren - Stockholms universitet, Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut (MBW) orcid

Julien Mortier - Stockholms universitet, Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut (MBW) orcid

Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Naturvetenskap (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Biologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Cellbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Mikrobiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Cell- och molekylärbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Publikationer

Sortera på namn | Sortera efter år

Joel Hallgren, Kira Koonce, Michele Felletti, Julien Mortier, Eloisa Turco, Kristina Jonas (2023) Phosphate starvation decouples cell differentiation from DNA replication control in the dimorphic bacterium Caulobacter crescentus. PLOS Genetics.
DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1010882

Joel Hallgren, Kira Koonce, Michele Felletti, Julien Mortier, Eloisa Turco, Kristina Jonas. Phosphate starvation decouples cell differentiation from DNA replication control in the dimorphic bacterium Caulobacter crescentus. bioRxiv 2023.07.26.550773 [preprint]
DOI: https://doi.org/10.1101/2023.07.26.550773

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Licens

CC0 1.0

Versioner

Version 2. 2023-11-20

Version 2: 2023-11-20

DOI: https://doi.org/10.58141/paxd-vr47

Data tillagda: Underlying numerical data for all of graphs and summary statistics of the article (Hallgren et al., 2023) have been included as tabular data.

Version 1. 2023-11-13

Version 1: 2023-11-13

DOI: https://doi.org/10.58141/wfc6-qh32

Kontakt för frågor om data

Kristina Jonas

kristina.jonas@su.se

Publicerad: 2023-11-20
Senast uppdaterad: 2023-12-07