Detaljerad beskrivning av bildanalysarbetsflödet, inklusive träningsdata för maskininlärningsmodell, för artikeln: "Phosphate starvation decouples cell differentiation from DNA replication control in the dimorphic bacterium Caulobacter crescentus", Hallgren et al. (2023; PLOS Genetics).
SND-ID: 2023-202. Version: 2. DOI: https://doi.org/10.58141/paxd-vr47
Tillhörande dokumentation
Ladda ner alla filer
Citering
Alternativ titel
Ilastik image analysis pipeline for Caulobacter crescentus
Skapare/primärforskare
Joel Hallgren - Stockholms universitet, Institutionen för molekylär biovetenskap
Forskningshuvudman
Stockholms universitet - Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut
Beskrivning
Detta dataset innehåller en detaljerad beskrivning av bildanalysproceduren som användes av Hallgren et al. (2023; PLOS Genetics) för att utföra mätningar av individuella celler av bakterien Caulobacter crescentus. Mer specifikt identifierar proceduren individuella C. crescentus-celler i faskontrastmikroskopibilder, annoterar deras celltyp, samt deras storlek och grundläggande morfologiska egenskaper. Proceduren kan till exempel användas för att kvantifiera förhållandet mellan antalet svärmarceller och stjälkceller i en population, mäta storleken av celler och deras stjälkar, samt uppskatta proportionen av celler som genomgår celldelning i en population.
Datasetet inkluderar: (1) projektfiler för programmet ilastik, (2) Python-kod och ImageJ-macros som används för databearbetning, (3) inställningar för ’batch processing’ av bilder med ImageJ-pluginet ’MicrobeJ’, och (4) exempeldata som kan användas för att köra bildanalysen från början till slut. Projektfilerna för ilastik (.ilp-filer) innehåller ’random forest’-maskininlärningsmodellerna som används i analysen, samt de träningsdata som använd
Datasetet inkluderar: (1) projektfiler för programmet ilastik, (2) Python-kod och ImageJ-macros som används för databearbetning, (3) inställningar för ’batch processing’ av bilder med ImageJ-pluginet ’MicrobeJ’, och (4) exempeldata som kan användas för att köra bildanalysen från början till slut. Projektfilerna för ilastik (.ilp-filer) innehåller ’random forest’-maskininlärningsmodellerna som används i analysen, samt de träningsdata som användes för att generera dessa modeller. ’README’-filen innehåller instruktion om hur man kan köra bildanalysproceduren från början till slut.
Även om maskininlärningsmodellerna är tränade på bilder tagna under våra specifika mikroskopiförhållanden, kan informationen som presenteras här användas för att enkelt anpassa en motsvarande bildanalysprocedur i ett nytt laboratorium genom att träna nya ilastik-modeller och modifiera MicrobeJ-inställningarna.
Numeriska data bakom grafer och statistiska analyser i artikeln (Hallgren et al., 2023) har även inkluderats i form av tabulärdata som ett zip-arkiv. Visa mindre..
Data innefattar personuppgifter
Nej
Språk
Dataformat / datastruktur
Ansvarig institution/enhet
Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut
Forskningsområde
Naturvetenskap (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Biologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Cellbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Mikrobiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Cell- och molekylärbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Nyckelord
Mikrobiologi, Interferometri, Bacterial growth, Bacteria, Heterotrophic bacteria, Bacterial community composition, Image analysis, Ljusmikroskopi, Mikrobiologi, Maskininlärning, Mikroskopi, Python, Bildanalys, Bakterier, Bacteria, Image analysis, Machine learning, Microbiology, Caulobacter, Ilastik, Microbej, Imagej, Caulobacter crescentus
Sortera på namn | Sortera efter år
Joel Hallgren, Kira Koonce, Michele Felletti, Julien Mortier, Eloisa Turco, Kristina Jonas (2023) Phosphate starvation decouples cell differentiation from DNA replication control in the dimorphic bacterium Caulobacter crescentus. PLOS Genetics.
DOI:
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1010882
Joel Hallgren, Kira Koonce, Michele Felletti, Julien Mortier, Eloisa Turco, Kristina Jonas. Phosphate starvation decouples cell differentiation from DNA replication control in the dimorphic bacterium Caulobacter crescentus. bioRxiv 2023.07.26.550773 [preprint]
DOI:
https://doi.org/10.1101/2023.07.26.550773
Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.