Smart-seq3 och Smart-seq3xpress singel-cell RNA sekvensering av benmärgsceller från MDS-RS patienter
SND-ID: 2023-122-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.48723/0f0c-p816
Tillhörande dokumentation
Citering
Skapare/primärforskare
Pedro Luis Moura
- Karolinska Institutet, Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM)
Eva Hellström-Lindberg
- Karolinska Institutet, Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM)
Forskningshuvudman
Karolinska Institutet
- Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM)
Beskrivning
Datasetet består av 2 mappar:
- SS3_FACS_PB-BM_RS
- SS3xpress_FACS_HSC_MPP_MEP_EB
Mappen SS3_FACS_PB-BM_RS innehåller 1 rds-fil, 3 txt-filer och 1 komprimerad mapp (tar.gz) med fastq-filer.
Mappen SS3xpress_FACS_HSC_MPP_MEP_EB innehåller 1 rds fil, 7 txt-filer och 2 GNU-zippade fastq-filer.
Dokumentationsfilen File_list_SS3_SS3xpress.txt innehåller en lista över datasetets alla filer.
Data innefattar personuppgifter
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter
Ja
Typ av personuppgifter
Genetiska och biologiska data av patienter
Kodnyckel existerar
Ja
Språk
Analysenhet
Population
Patienter med myelodysplastisk syndrom med ringsideroblaster (MDS-RS)
Studiedesign
Preklinisk studie
Urvalsmetod
Icke-sannolikhetsurval: tillgänglighetsurval
Blandat sannolikhets- och icke-sannolikhetsurval
Studie kopplad till biobank
Studien har använt befintliga prover/material från en vetenskaplig samling eller biobank
Namn på vetenskaplig samling/biobank: Karolinska Institutet MDS biobank
Typ(er) av prov: Benmärgsceller
Ansvarig institution/enhet
Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM)
Etikprövning
Stockholm - dnr 2017/1090-31/4
Forskningsområde
Naturvetenskap (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Biologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Cellbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Genetik (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Bioinformatik och systembiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Hematologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Nyckelord
Myelodysplastiskt syndrom, Sf3b1, Myelodysplastiska syndrom, Mds-rs
Moura PL, Mortera Blanco T, Hofman IJ, Todisco G, Kretzschmar WW, Björklund AC, Creignou M, Hagemann-Jensen M, Ziegenhain C, Cabrerizo Granados D, Barbosa I, Walldin G, Jansson M, Ashley N, Mead AJ, Lundin V, Dimitriou M, Yoshizato T, Woll PS, Ogawa S, Sandberg R, Jacobsen SW, Hellström-Lindberg E. Erythroid differentiation enhances RNA mis-splicing in SF3B1-mutant myelodysplastic syndromes with ring sideroblasts. Cancer Res. 2023 Nov 3. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-23-3038.
DOI:
https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-23-3038
Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.