10X singel-cell RNA sekvensering av benmärgsceller från MDS-RS patienter och friska donatorer
SND-ID: 2023-121-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.48723/nq2a-1e03
Tillhörande dokumentation
Citering
Skapare/primärforskare
Pedro Luis Moura - Karolinska Institutet, Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM)
Eva Hellström-Lindberg - Karolinska Institutet, Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM)
Forskningshuvudman
Karolinska Institutet - Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM)
Beskrivning
Syftet med denna datainsamling var att bedöma flera parametrar om hur benmärgen hos MDS-RS-patienter skiljer sig från den hos friska donatorer. Denna datauppsättning består av singel-cell RNA sekvensering av benmärgsceller från MDS-RS patienter och friska donatorer. Se den engelska beskrivningen för mer information.
Datasetet består av två mappar:
- Processed_Count_Matrices
- Raw_FASTQ
och en xlsx-fil:
- Sample_key.xlsx
Mappen Processed_Count_Matrices innehåller 1 rds-fil, 1 tsv-fil, 9 mtx-filer och 18 txt-filer.
Datasetet består av två mappar:
- Processed_Count_Matrices
- Raw_FASTQ
och en xlsx-fil:
- Sample_key.xlsx
Mappen Processed_Count_Matrices innehåller 1 rds-fil, 1 tsv-fil, 9 mtx-filer och 18 txt-filer.
Mappen Raw_FASTQ innehåller 27 GNU-zippade fastq-filer och 5 txt-filer.
Dokumentationsfilen File_list_10x.txt innehåller en lista över datasetets alla filer.
Datasetets totala storlek är ungefär 21 GB. Visa mindre..
Data innefattar personuppgifter
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter
Ja
Typ av personuppgifter
Genetiska och biologiska data av patienter
Kodnyckel existerar
Ja
Språk
Analysenhet
Population
Patienter med myelodysplastisk syndrom med ringsideroblaster (MDS-RS) samt friska donatorer
Studiedesign
Preklinisk studie
Urvalsmetod
Icke-sannolikhetsurval: tillgänglighetsurval
Blandat sannolikhets- och icke-sannolikhetsurval
Studie kopplad till biobank
Studien har använt befintliga prover/material från en vetenskaplig samling eller biobank
Namn på vetenskaplig samling/biobank: Karolinska Institutet MDS biobank
Typ(er) av prov: Benmärgsceller
Ansvarig institution/enhet
Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM)
Etikprövning
Stockholm - dnr 2017/1090-31/4
Forskningsområde
Naturvetenskap (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Biologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Cellbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Genetik (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Bioinformatik och systembiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Hematologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Nyckelord
Moura PL, Mortera Blanco T, Hofman IJ, Todisco G, Kretzschmar WW, Björklund AC, Creignou M, Hagemann-Jensen M, Ziegenhain C, Cabrerizo Granados D, Barbosa I, Walldin G, Jansson M, Ashley N, Mead AJ, Lundin V, Dimitriou M, Yoshizato T, Woll PS, Ogawa S, Sandberg R, Jacobsen SW, Hellström-Lindberg E. Erythroid differentiation enhances RNA mis-splicing in SF3B1-mutant myelodysplastic syndromes with ring sideroblasts. Cancer Res. 2023 Nov 3. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-23-3038.
DOI:
https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-23-3038
Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.