10X singel-cell RNA sekvensering av benmärgsceller från MDS-RS patienter och friska donatorer

SND-ID: 2023-121-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.48723/nq2a-1e03

Citering

Skapare/primärforskare

Pedro Luis Moura - Karolinska Institutet, Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM) orcid

Eva Hellström-Lindberg - Karolinska Institutet, Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM) orcid

Forskningshuvudman

Karolinska Institutet - Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM) rorId

Beskrivning

Syftet med denna datainsamling var att bedöma flera parametrar om hur benmärgen hos MDS-RS-patienter skiljer sig från den hos friska donatorer. Denna datauppsättning består av singel-cell RNA sekvensering av benmärgsceller från MDS-RS patienter och friska donatorer. Se den engelska beskrivningen för mer information.

Datasetet består av två mappar:
- Processed_Count_Matrices
- Raw_FASTQ

och en xlsx-fil:
- Sample_key.xlsx

Mappen Processed_Count_Matrices innehåller 1 rds-fil, 1 tsv-fil, 9 mtx-filer och 18 txt-filer.

... Visa mer..
Syftet med denna datainsamling var att bedöma flera parametrar om hur benmärgen hos MDS-RS-patienter skiljer sig från den hos friska donatorer. Denna datauppsättning består av singel-cell RNA sekvensering av benmärgsceller från MDS-RS patienter och friska donatorer. Se den engelska beskrivningen för mer information.

Datasetet består av två mappar:
- Processed_Count_Matrices
- Raw_FASTQ

och en xlsx-fil:
- Sample_key.xlsx

Mappen Processed_Count_Matrices innehåller 1 rds-fil, 1 tsv-fil, 9 mtx-filer och 18 txt-filer.
Mappen Raw_FASTQ innehåller 27 GNU-zippade fastq-filer och 5 txt-filer.

Dokumentationsfilen File_list_10x.txt innehåller en lista över datasetets alla filer.

Datasetets totala storlek är ungefär 21 GB. Visa mindre..

Data innefattar personuppgifter

Ja

Data innehåller känsliga personuppgifter

Ja

Typ av personuppgifter

Genetiska och biologiska data av patienter

Kodnyckel existerar

Ja

Språk

Metod och utfall

Analysenhet

Population

Patienter med myelodysplastisk syndrom med ringsideroblaster (MDS-RS) samt friska donatorer

Studiedesign

Preklinisk studie

Urvalsmetod

Sannolikhetsurval: obundet slumpmässigt urval
Icke-sannolikhetsurval: tillgänglighetsurval
Blandat sannolikhets- och icke-sannolikhetsurval
Bone marrow (BM) and/or peripheral blood (PB) samples were collected from 36 MDS-RS and 3 MDS non-RS patients evaluated at Karolinska University Hospital, Huddinge, Sweden. Diagnostic procedures were performed according to the European LeukemiaNet recommendation and WHO classification for myeloid neoplasms. As the specific purpose was to dissect the pathobiology of SF3B1-mutant MDS-RS, all MDS-RS patients belonged to the SF3B1α category in the IPSS-M risk classification. RS presence was quantified according to standard clinical practice. Additional samples were collected from a total of 40 healthy normal bone marrow (NBM) donors for control purposes. Please note that a deidentified donor and experiment index is provided in the companion publication for this dataset, including clinical and mutational status. All source material was provided with written informed consent for research use, given in accordance with the Declaration of Helsinki.

Studie kopplad till biobank

Studien har använt befintliga prover/material från en vetenskaplig samling eller biobank

Namn på vetenskaplig samling/biobank: Karolinska Institutet MDS biobank

Typ(er) av prov: Benmärgsceller

Dataformat / datastruktur

Datainsamling
Geografisk täckning
Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM)

Finansiering 1

  • Finansiär: Knut och Alice Wallenbergs stiftelse
  • Diarienummer hos finansiär: 2017.0359

Finansiering 2

  • Finansiär: Cancerfonden
  • Diarienummer hos finansiär: 21 0340

Finansiering 3

  • Finansiär: Cancerfonden
  • Diarienummer hos finansiär: 19 0200

Finansiering 4

  • Finansiär: Vetenskapsrådet
  • Diarienummer hos finansiär: 211133

Etikprövning

Stockholm - dnr 2017/1090-31/4

Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Naturvetenskap (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Biologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Cellbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Genetik (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Bioinformatik och systembiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Hematologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Publikationer

Moura PL, Mortera Blanco T, Hofman IJ, Todisco G, Kretzschmar WW, Björklund AC, Creignou M, Hagemann-Jensen M, Ziegenhain C, Cabrerizo Granados D, Barbosa I, Walldin G, Jansson M, Ashley N, Mead AJ, Lundin V, Dimitriou M, Yoshizato T, Woll PS, Ogawa S, Sandberg R, Jacobsen SW, Hellström-Lindberg E. Erythroid differentiation enhances RNA mis-splicing in SF3B1-mutant myelodysplastic syndromes with ring sideroblasts. Cancer Res. 2023 Nov 3. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-23-3038.
DOI: https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-23-3038

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.

Versioner

Version 1. 2023-10-19

Version 1: 2023-10-19

DOI: https://doi.org/10.48723/nq2a-1e03

Kontakt för frågor om data

Eva Hellström-Lindberg

eva.hellstrom-lindberg@ki.se

Publicerad: 2023-10-19
Senast uppdaterad: 2023-11-06