Datauppsättning från konfokalmikroskopi av växtprover – ”High throughput”-karakterisering av kortikala mikrotubuli-nätverks svar på mekanisk stress. - Dataset of confocal microscopy from plant samples - High-throughput characterization of cortical microtubule arrays response to anisotropic tensile stress

SND-ID: 2022-252-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.5878/62ed-8017

Det finns en senare version av detta dataset än den du har förfrågat.

Version 2: 2023-05-10

DOI: https://doi.org/10.5878/17te-jg54

Filkonvertering: Filer för varje genotyp har lagts i en separat zipfil.

Data tillagda: Lade till "Pavement cells.zip" och uppdaterade dokumentation. Den första versionen av datamängden innehöll bilder från tidsserieexperiment förvärvade på hypokotyler av mikrotubuli reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler. Den andra versionen innehåller ytterligare bilder av en tidsserieexperiment på hjärtblad från en mikrotubuli reporterlinje efter att ha dödat några celler.

Ladda ner data

Time-series_tiff.zip (26.04 GB)

Tillhörande dokumentation

Example_2D_Image.tif (512.22 KB)

Read Me.txt (1.67 KB)

ReadMe_Experimental settings.txt (1.12 KB)

Ladda ner alla filer

2022-252-1-1.zip (~26.05 GB)

Citering

Skapare/primärforskare

Elsa Demes - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi

Stéphane Verger - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi

Forskningshuvudman

Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi

Diarienummer hos huvudman

SLU.genfys.2023.4.4.IÄ-2

Beskrivning

Datamängden innehåller Tiff Z-stackar från transgena ljusodlade hypokotyler och hjärtblad från Arabidopsis thaliana uttryckande kortikala mikrotubuli (CMT)-reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler från ett tidsserieexperiment. Denna datauppsättning analyserades med ett nytt halvautomatiserat arbetsflöde för bildanalys som vi har utvecklat för att kvantifiera CMT-omorganisation i enskilda celler efter en ablation. (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow).

Datamängden i zip-filen analyserades med hjälp av skripten på GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Ett steg för steg beskriver och förklarar alla skript för bildanalysproceduren. De mellanliggande data som genereras av analysmetoden kan hittas på zenodo (https://zenodo.org/record/7436075#.Y5rmd-zMJF8).

Dokumentationsfilen Example_2D_Image.tif ger en visuell representation från en typisk z-stack.

Data innefattar personuppgifter

Nej

Språk

Engelska

Metod och utfall

Dataformat / datastruktur

Stillbild

Arter och taxon

Backtrav

Datainsamling

Insamlingsmetod: Inspelning
Beskrivning av insamlingsmetod: Konfokalmikroskop tidsseriebilder av hypokotyler (var 20 minut under 4 timmar) togs på mikrotubuli-reporterlinjer
Instrument: confocal microscope Zeiss LSM800 - Upright confocal microscope from Zeiss
Prov: GFP-MBD
Fluorophore fused to a microtubule binding domain from the Microtubule Associated Protein 4 (MAP4). (Marc et al., 1998) DOI: 10.1105/tpc.10.11.1927
Prov: mCit-MBD
Fluorophore fused to a microtubule binding domain from the Microtubule Associated Protein 4 (MAP4). (Armezzani et al., 2018) DOI: 10.1242/dev.162255
Prov: bot1-7 GFP-MBD
GFP-MBD line crossed with bot1-7 a katanin mutant with impaired rearrangement of microtubules. (Uyttewaal et al., 2012) DOI: 10.1016/j.cell.2012.02.048
Prov: GFP-TUA6
GFP fused to a tubulin subunit. (Ueda et al., 1999) https://doi.org/10.1007/BF01279267
Datakälla: Forskningsdata, Biologiska prover
Tidsupplösning: 20 minut