T-cells svar vid diagnos av amyotrofisk lateralskleros förutsäger sjukdomsförloppet
SND-ID: 2022-113-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.48723/xjvx-2v24
Citering
Skapare/primärforskare
Fang Fang - Karolinska Institutet, Institutet för miljömedicin
Forskningshuvudman
Karolinska Institutet - Institutet för miljömedicin
Beskrivning
För att förstå hur T-celler bidrar till sjukdomsförloppet i amyotrofisk lateralskleros (ALS), genomförde vi en kohortstudie med 89 nydiagnostiserade ALS-patienter i Stockholm, Sverige, och använde flödescytometri för att definiera T-cellspopulationer och fenotyper i blod och cerebrospinalvätska (CSF) prover insamlade vid tidpunkten för diagnos. Hög frekvens av CD4+FOXP3- effektor T-celler i blod och CSF var associerad med en försämrad överlevnad medan hög frekvens av aktiverade regulatoriska T-celler (Treg) och hög kvot mellan aktiverade och vilande Treg-celler i blod var associerad med en bättre överlevnad. T-cellsprofiler förutspådde också hur snabbt sjukdomen utvecklade sig. Encellstranskriptomikdata visade att ALS-patienter hade förändrat T-genuttryck i T-celler och förekomsten av klonalt expanderade CD4+ och CD8+ T-celler i CSF. Sammanfattningsvis bidrar T-cellssvar till sjukdomsprogression av ALS, vilket stöder modulering av adaptiv immunitet som ett genomförbart terapeutiskt alternativ.
Data innehåller RNA-sekvenseringsdata från singelceller från 9 individer (5 ALS-fall och 4 kontrolle
Data innehåller RNA-sekvenseringsdata från singelceller från 9 individer (5 ALS-fall och 4 kontroller). Immunceller isolerades från CSF. Dessutom studerade vi för varje individ T-cellsreceptorrepertoaren genom att använda V(D)J-sekvensering. Uppladdade filer är i fastq-format. Visa mindre..
Data innefattar personuppgifter
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter
Ja
Typ av personuppgifter
human RNA-sekvenseringsdata från singel celler
Kodnyckel existerar
Ja
Språk
Analysenhet
Population
Deltagarna rekryterades från det större Stockholmsområdet som en del av fallkontrollstudien ALSrisc och StopMS.
Studiedesign
Observationsstudie
Fall-kontrollstudie
Beskrivning av studiedesign
Mänskligt material:
Immunceller isolerade från cerebral spinalvätska (CSF). CSF-prover samlades in från fem patienter med nyligen diagnostiserad ALS och fyra kontroller (två patienter med hydrocefalus med normalt tryck, en patient med cervikal radikulopati och en frisk kontroll).
singelcellssekvenseringsplattform:
5' scRNA-seq + V(D)J TCR-repertoarsekvensering med användning av 10x Genomics-plattformen.
Urvalsmetod
1. CSF-prov centrifugerades vid 300 g, 10 min, 4°C
2. Supernatanten togs bort förväntas för cirka 500 ul CSF (rör med en synlig blodkontaminering uteslöts från analsyen)
3. När mer än ett provrör användes, kombinerades provet i ett provrör.
4. CSF-prover tvättades med kall PBS + 0,5 % BSA (w/o ETDA) genom att fylla provröret upp till 10 ml.
5. CSF-prover centrifugerades vid 300 g, 10 min, 4°C.
6. Supernatanten avlägsnades, cellen återsuspenderades i 500 ul kall PBS + 0,5 % BSA och överförde provet till ett lågbindande RNA-rör
7. Prover centrifugerades vid 300 g, 10 min, 4°C.
8. supernatanten avlägsnades och celler återsuspenderades cell i den återstående supernatanten (~50 µl)
För de återstående stegen följde vi tillverkarens protokoll
Tidsperiod(er) som undersökts
2020-09-23 – 2021-04-14
Antal individer/objekt
9
Svarsfrekvens/deltagarfrekvens
Prov samlades in från 9 deltagare vid ett tillfälle.
Geografisk utbredning
Geografisk plats: Stockholms län
Ansvarig institution/enhet
Institutet för miljömedicin
Etikprövning
Etikprövningsmyndigheten - dnr DNRs 2014/1815-31/4, 2018-1065/31 and DNRs 2009/2107-31/2 and 2021-02060
Forskningsområde
Immunologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Folkhälsovetenskap, global hälsa, socialmedicin och epidemiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Yazdani, S., Seitz, C., Cui, C., Lovik, A., Pan, L., Piehl, F., Pawitan, Y., Klappe, U., Press, R., Samuelsson, K., Yin, L., Vu, T., Joly, A., Westerberg, L., Evertsson, B., Ingre, C., Andersson, J., & Fang, F. (n.d.). T cell responses at diagnosis of amyotrophic lateral sclerosis predict disease progression. In Nature communications (Vol. 13, Issue 1, pp. 6733-). https://doi.org/10.1038/s41467-022-34526-9
DOI:
https://doi.org/10.1038/s41467-022-34526-9
SwePub:
oai:prod.swepub.kib.ki.se:151234387
Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.