X-inaktivering under T-cellsutvecklingen i thymus

SND-ID: 2022-112-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.5878/frw5-wd59

Det finns en senare version av detta dataset än den du har förfrågat.

Version 2: 2024-10-03

DOI: https://doi.org/10.5878/ayae-p143

Data tillagda: Efter önskemål från från reviewers har vi i samband med revision av manuskriptet lagt till data från två nya patienter i version 2. Vi har även kompletterat metodologin med att göra single-cell RNA sekvensering på ett patientprov.

Lägg till förfrågan om data

Tillhörande dokumentation

Citering

Skapare/primärforskare

Olov Ekwall - Göteborgs universitet, Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för pediatrik

Forskningshuvudman

Göteborgs universitet - Institutionen för kliniska vetenskaper

Beskrivning

Huvudsyftet med studien har varit att studera X-inaktivering under T-cellsutveckling i human thymus. I studien har sex olika utvecklingsstadier av thymocyter isolerats från sju individer och studerats avseende genuttryck. Datamaterialet innehåller data från RNA-sekvensering, DNA-metylering och helexom-sekvensering av DNA.

Datasetet innehåller data från manuskriptet "A landscape of X-inactivation during human T-cell development in the thymus" av Gylemo et al och innehåller resultat från RNA-sekvensering (fastq.gz), analys av DNA-metylering (Grn.idat) och DNA-exomsekvensering (fastq.gz) av sex olika mognadsstadier av thymocyter från totalt sju individer.

Data är beskrivna på individ- och celltypsnivå i de bifogade tabbseparerade metadatafilerna (.tsv).
Kontrollsummor i MD5-format för datafilerna finns tillgängliga.

Data innefattar personuppgifter

Data innehåller känsliga personuppgifter

Typ av personuppgifter

Humandata. Data är pseudonymiserade och innhåller ID-nummer som kan kopplas till person via kodnyckel.

Kodnyckel existerar

Språk

Engelska

Metod och utfall

Analysenhet

Celler

Population

Isolerade thymocyter från sju personer studerades. Försökspersonerna var tre pojkar och fyra flickor, alla under 3 år, som genomgick korrigerande hjärtkirurgi för medfödda hjärtmissbildningar.

Studiedesign

Experimentell studie

Urvalsmetod

Övrigt

Studie kopplad till biobank

Studien har samlat in nya prover/material som bevaras i en vetenskaplig samling eller biobank

Namn på vetenskaplig samling/biobank: Biobank Väst 890

Typ(er) av prov: Thymusvävnad

Studien har använt befintliga prover/material från en vetenskaplig samling eller biobank

Antal individer/objekt

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Text

Datainsamling

Geografisk täckning

Geografisk utbredning

Geografisk plats: Sverige

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för kliniska vetenskaper

Övriga forskningshuvudmän

Linköpings universitet

Medverkande

Colm E Nestor - Linköpings universitet, Institutionen för biomedicinska och kliniska vetenskaper, Avdelningen för barns och kvinnors hälsa

Finansiering 1

Finansiär: Vetenskapsrådet
Diarienummer hos finansiär: 2018-02752
Projektnamn på ansökan: Clinical and experimental studies of tolerance mechanisms in the thymus aiming at the development of therapeutic targeting of the thymus in the treatment of autoimmune diseases

Finansiering 2

Finansiär: ALF Västra Götalandsregionen
Diarienummer hos finansiär: ALFGBG-965795
Projektnamn på ansökan: Kliniska och experimentella studier av toleransmekanismer i thymus

Etikprövning

Göteborg - dnr 217-12

Projektnamn: Studier av central toleransutveckling i human thymus

Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Immunologi inom det medicinska området (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Nyckelord

Blod- och immunsystem, Immunsystem, Kardiovaskulära kirurgiska ingrepp, T-lymfocyter, Bräss, Tymocyter

Publikationer

Björn Gylemo, Antonio Lentini, Christina Lundqvist, Maike Bensberg, Alessandro Camponeschi, Dora Goldman, Aida Selimović, Olov Ekwall, Colm E. Nestor. (2022). A landscape of X-inactivation during human T-cell development [submitted manuscript].

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.