Agilent genuttryck microarray rådata för STO-3
SND-ID: 2021-340-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.5878/3vxa-3c28
Tillhörande dokumentation
Citering
Skapare/primärforskare
Annelie Johansson
- Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-patologi
Linda Lindström
- Karolinska Institutet, Institutionen för Onkologi-patologi
Forskningshuvudman
Karolinska Institutet
- Institutionen för onkologi-patologi
Beskrivning
En utförligare beskrivning finns i den engelska versionen av katalogposten.
Datasetet består av en tabell i en (1) txt-fil innehållande: Genuttrycksdata (Agilent custom 32K microarray) genererat år 2014 för 652 primära tumörer från STO-3 studien. Variablerna är de 31195 sonder som ingår i den Alilent microarray vilken använts för att generera datasetet.
Filnamn: STO3_Agilent_microarray_gMeanSignals_652.txt
De 31195 sonder som ingår i den Alilent microarray vilken använts för att generera datasetet finns listade och mappade till gen-namn i en annotationsfil.
Filnamn annotationsfil: List_of_probes_STO3_Agilent_microarray_gMeanSignals_652.txt
Data innefattar personuppgifter
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter
Ja
Typ av personuppgifter
Pseudonymiserade uppgifter
Kodnyckel existerar
Ja
Språk
Population
Bröstcancerpatienter diagnostiserade i Stockholm 1976-1990
Studiedesign
Randomiserad kontrollerad studie (RCT)
Studie kopplad till biobank
Studien har använt befintliga prover/material från en vetenskaplig samling eller biobank
Namn på vetenskaplig samling/biobank: Biobank Sverige, Stockholm tamoxifenstudierna (STO)
Typ(er) av prov: formalin-fixerad paraffin-inbäddade (FFPE) primära brösttumörer
Variabler
31195
Antal individer/objekt
652
Dataformat / datastruktur
Geografisk utbredning
Geografisk plats: Stockholms län
Ansvarig institution/enhet
Institutionen för onkologi-patologi
Etikprövning
Stockholm - dnr 2017/2066-32, 97-451, 76-51.
STO-3 studien godkändes av Karolinska Institutet etikkommitte och deltagarna gav muntligt samtycke. Studien genomfördes vid Regionalt cancercentrum Stockholm-Gotland, Sverige, och startade 1976.
Forskningsområde
Genetik (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Cancer och onkologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Johansson & Lindström et al., Clinical and Molecular Characteristics of ER-Positive Ultralow Risk Breast Cancer Tumors Identified by the 70-Gene Signature, International Journal of Cancer, 2022
DOI:
https://doi.org/10.1002/ijc.33969