A DNA-nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments
SND-ID: 2020-90-1. Version: 1. DOI: https://doi.org/10.5878/jvvj-1688
Ladda ner data
ED_Fig.10_aptamers immobilization.blr (27.5 KB)
ED_Fig.10_CD71 binding sck bis.blr (1.8 MB)
ED_Fig.1a_B1 binding.blr (1.57 MB)
ED_Fig.1a_B2 binding.blr (1.44 MB)
ED_Fig.1a_B3 binding.blr (1.44 MB)
ED_Fig.2a_PAGE 1 comassie.png (613.16 KB)
ED_Fig.2a_PAGE 1.png (565.42 KB)
... Visa mer..ED_Fig.10_aptamers immobilization.blr (27.5 KB)
ED_Fig.10_CD71 binding sck bis.blr (1.8 MB)
ED_Fig.1a_B1 binding.blr (1.57 MB)
ED_Fig.1a_B2 binding.blr (1.44 MB)
ED_Fig.1a_B3 binding.blr (1.44 MB)
ED_Fig.2a_PAGE 1 comassie.png (613.16 KB)
ED_Fig.2a_PAGE 1.png (565.42 KB)
ED_Fig.2a_PAGE 2 comassie.png (1.99 MB)
ED_Fig.2a_PAGE 2.png (2.33 MB)
ED_Fig.2a_PAGE 3 comassie.png (558.16 KB)
ED_Fig.2a_PAGE 3.png (648.25 KB)
ED_Fig.2b_B1 binding.blr (410.5 KB)
ED_Fig.2b_B1 conjug binding.blr (410.5 KB)
ED_Fig.2b_B2 binding.blr (409.5 KB)
ED_Fig.2b_B2 conjug binding.blr (409.5 KB)
ED_Fig.2b_B3 binding.blr (931 KB)
ED_Fig.2b_B3 conjug binding.blr (409.5 KB)
ED_Fig.3_blocking strand_bis.blr (482.5 KB)
ED_Fig.3_blocking strand.blr (1.1 MB)
ED_Fig.3_Invading strand_bis.blr (57 KB)
ED_Fig.3_Invading strand.blr (45 KB)
ED_Fig.3_NC hybridization_bis.blr (1.1 MB)
ED_Fig.3_NC hybridization.blr (1.1 MB)
ED_Fig.4_B1-NC binding sck.blr (2.09 MB)
ED_Fig.4_B3 - B2 - B1 - invading strand.blr (3.31 MB)
ED_Fig.4_immobilization Her2-Her3-EGFR.blr (79 KB)
ED_Fig.5a_PAGE.png (421.29 KB)
ED_Fig.5b_Ambrosetti_SD_Fig.ED5.xlsx (8.76 KB)
ED_Fig.5b_OD in solution.png (1.55 MB)
ED_Fig.6_Ambrosetti_SD_Fig.ED6.xlsx (9.29 KB)
ED_Fig.6a_immobilization Her2-Her3.blr (76 KB)
ED_Fig.6a_NC-B1 binding sck.blr (638 KB)
ED_Fig.6a_NC-B3 binding sck.blr (637.5 KB)
ED_Fig.6b_analysis.pzfx (25.57 KB)
ED_Fig.6b_analysis.xlsx (19.21 KB)
ED_Fig.6c_analysis.xlsx (9.4 KB)
ED_Fig.6c_sample1.fastq (845.87 MB)
ED_Fig.6c_sample2.gz (166.12 MB)
ED_Fig.6d_analysis.xlsx (17.87 KB)
ED_Fig.7a_Ambrosetti_SD_Fig. ED7.xlsx (8.88 KB)
ED_Fig.7a_analysis.xlsx (20.28 KB)
ED_Fig.7b_sample1_SH-SY5Y_1.fastq.gz (3.3 KB)
ED_Fig.7b_sample2_SH-SY5Y_2.fastq.gz (9.21 KB)
ED_Fig.7b_sample3_SKBR3 positive ctrl.fastq.gz (309.63 MB)
ED_Fig.9_aCD63 binding.blr (651 KB)
ED_Fig.9_aCD63-oligo binding.blr (651 KB)
ED_Fig.9_CD63 immobilization NTA chip.blr (30 KB)
Fig.2c_NC_prongs hybridization.blr (1.59 MB)
Fig.2e_B1 conjug binding.blr (411 KB)
Fig.2e_ECD-Her2 sck.blr (1.05 MB)
Fig.2f_B1conjugate.blr (1.21 MB)
Fig.2f_NC binding.blr (1.13 MB)
Fig.3a_B1-NC binding.blr (756 KB)
Fig.3a_invading strand 2.blr (837.5 KB)
Fig.3b_PAGE_comassie.png (588.07 KB)
Fig.3b_Page_SybrGold.png (1.35 MB)
Fig.4b_Her3 immobilization.blr (74 KB)
Fig.4b_streptavidin.blr (616.5 KB)
Fig.5a_HD_B1-NC binding bis.blr (1.69 MB)
Fig.5a_HD_B1-NC binding sck.blr (2.09 MB)
Fig.5a_HD_B3 - B1 - invading strand.blr (2.55 MB)
Fig.5a_HD_immobilization Her2-Her3.blr (79 KB)
Fig.5a_LD_B1-NC binding bis.blr (1.17 MB)
Fig.5a_LD_B1-NC binding sck.blr (2.09 MB)
Fig.5a_LD_B3 - B1 - invading strand.blr (2.54 MB)
Fig.5a_LD_immobilization Her2-Her3.blr (91.5 KB)
Fig.5b_sample1_bis.fastq (1.81 GB)
Fig.5b_sample1.fastq (1.32 GB)
Fig.5b_sample2.fastq (1.33 GB)
Fig.5b_sample3.fastq (1.36 GB)
Fig.5b_sample4_bis.fastq (2.4 GB)
Fig.5b_sample4.fastq (2.57 GB)
Fig.6a_sample 1.fastq.gz (258.35 MB)
Fig.6a_sample 2.fastq.gz (390.08 MB)
Fig.6a_sample 3.fastq.gz (303.81 MB)
Fig.6b_sample1.fastq.gz (330.05 MB)
Fig.6b_sample2.fastq.gz (277.09 MB)
Fig.6b_sample3.fastq.gz (285.41 MB)
Fig.6b_sample4.fastq.gz (251.6 MB)
Fig.6b_sample5.fastq.gz (303.81 MB)
Fig.6b_sample6.fastq (402.33 MB)
Fig.6c_HRG_sample1.fastq (3.34 GB)
Fig.6c_HRG_sample2.fastq (1.5 GB)
Fig.6c_HRG_sample3.fastq (2.33 GB)
Fig.6c_NoL_sample1.fastq (3.75 GB)
Fig.6c_NoL_sample2.fastq (1.46 GB)
Fig.6c_NoL_sample3.fastq (1.49 GB)
Fig.7_Ambrosetti_SD_Fig. 7.xlsx (9.92 KB)
Fig.7_CD71sample1.fastq (1.17 GB)
Fig.7_CD71sample2.fastq (880.28 MB)
Fig.7_sample1.fastq.gz (286.02 MB)
Fig.7_sample2.fastq.gz (268.22 MB)
Fig.7_sample3.fastq.gz (274.25 MB)
Suppl_Fig.1_PAGE.png (482.42 KB)
Visa mindre..Tillhörande dokumentation
Citering
Skapare/primärforskare
Elena Ambrosetti - Karolinska Institutet, Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik - Avdelningen för biomaterial
Forskningshuvudman
Karolinska Institutet - Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik - Avdelningen för biomaterial
Beskrivning
De flesta proteiner vid plasmamembranet är inte jämnt fördelade men lokaliseras till dynamiska nanodomäner. För att undersöka deras funktionella relevans finns det ett behov av metoder som möjliggör omfattande analys av kompositionerna och rumsliga organisationerna av membranprotein-nanodomäner i cellpopulationer. Här beskriver vi utvecklingen av en icke-mikroskopibaserad metod för ensembleanalys av membranprotein-nanodomäner. Metoden, benämnd NANOscale DEciphEring of membrane Protein nanodomains (NanoDeep), baseras på användningen av DNA-nano assemblies för att översätta information om membranproteinorganisation till en DNA-sekvenseringsavläsning. Med hjälp av NanoDeep karakteriserade vi nano-miljöerna hos Her2, en membranreceptor av kritisk relevans vid cancer. NanoDeep har potential att ge nya insikter om rollerna för sammansättningen och den rumsliga organisationen av proteinnanomiljöer i regleringen av membranproteinfunktionen.
Metoden finns beskriven i preprint (se publikationer).
Metoden finns beskriven i preprint (se publikationer).
Mjukvaror för datainsamling:
Biacore T200 System C
Metoden finns beskriven i preprint (se publikationer).
Metoden finns beskriven i preprint (se publikationer).
Mjukvaror för datainsamling:
Biacore T200 System Control software, NextSeq control software
Mjukvaror för dataanalys:
BIAevaluation v3.0, GraphPad Prism v8.2.1, Fiji ImageJ v1.0, Illumina Sequencing Analysis Viewer software, Python v3.8.0. Visa mindre..
Data innefattar personuppgifter
Nej
Språk
Ansvarig institution/enhet
Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik - Avdelningen för biomaterial
Forskningsområde
Biokemi och molekylärbiologi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Biofysik (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)
Nyckelord
Sortera på namn | Sortera efter år
A DNA nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments (preprint).
Elena Ambrosetti, Giulio Bernardinelli, Ian Hoffecker, Leonard Hartmanis, View ORCID ProfileRickard Sandberg, Björn Högberg, Ana I. Teixeira
doi: https://doi.org/10.1101/836049
DOI:
https://doi.org/10.1101/836049
“A DNA-nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments” E. Ambrosetti, G. Bernardinelli, I. T. Hoffecker, L. Hartmanis, G. Kiriako, A. de Marco, R. Sandberg, B. Högberg, A. I. Teixeira. Nat. Nanotechnol. 2020.
DOI:
https://doi.org/10.1038/s41565-020-00785-0
Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.