INDILACT - Förlängd frivillig väntetid för förstakalvare. Part 2: Individanpassad FVT - Metadata och R-script med statistiska beräkningar

SND-ID: 2024-424.

Åtkomst till data via

Citering

Alternativ titel

INDILACT - Part 2

Skapare/primärforskare

Anna Edvardsson Rasmussen - Sveriges lantbruksuniversitet orcid

Forskningshuvudman

Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för tillämpad husdjursvetenskap och välfärd rorId

Diarienummer hos huvudman

SLU.klinvet.2024.4.4.IÄ-2

Beskrivning

Detta är del 2 i INDILACT, del 1 finns publicerad separat.

Studien syftar till att undersöka hur individanpassad frivillig väntetid melan kalvning och första insemination påverkar mjölkproduktion, fertilitet och hälsa för förstakalvare under deras första kalvningsintervall.

Data registrerades mellan januari 2019 och oktober 2022.

Denna data finns arkiverad:
- Metadata (Excel och PDF): tillgänglig
- Rådata (.txt filer) från kokontrollen som drivs av Växa Sverige: begränsad åtkomst pga avtal med VÄXA och gårdarna som äger datan, kodlistor finns tillgängligt i INDILACT del 1.
- Aggregated data (Excel filer): begränsad åtkomst pga avtal med VÄXA och gårdarna som äger datan

... Visa mer..
Detta är del 2 i INDILACT, del 1 finns publicerad separat.

Studien syftar till att undersöka hur individanpassad frivillig väntetid melan kalvning och första insemination påverkar mjölkproduktion, fertilitet och hälsa för förstakalvare under deras första kalvningsintervall.

Data registrerades mellan januari 2019 och oktober 2022.

Denna data finns arkiverad:
- Metadata (Excel och PDF): tillgänglig
- Rådata (.txt filer) från kokontrollen som drivs av Växa Sverige: begränsad åtkomst pga avtal med VÄXA och gårdarna som äger datan, kodlistor finns tillgängligt i INDILACT del 1.
- Aggregated data (Excel filer): begränsad åtkomst pga avtal med VÄXA och gårdarna som äger datan
- R- script med statistiska beräkningar

Metadata (3 filer):
- Metadata gentypning: Den enda nya filtypen jämfört med INDILACT del 1, beskrivning hur denna kategori av data har hanterats - i övriga filtyper har hanterats på samma sätt som i INDILACT del 1.
- Metadata - del 2 - generell sammanfattning över grundläggande datahantering för aggregering av datafiler (datum osv) för att skapa de excelfiler som sedan använts som grundfiler för R-scripten.
- DisCodes: Indelning av diagnoser i sjukdomskategorier.

Rådata:
-59 .txt filer med kokontrolldata uttagna vid 8 tillfällen.
-Data från 18 svenska gårdar från jan 2019 till okt 2022.

Aggregerade data:
- 29 Excelfiler. Textfilerna har bearbetats till användbart format så all data av samma typ från alla 8 tillfällen finns i samma Excelfil.
- Insamlade data från gårdarna via mail och telefonkontakt om de korna som inkluderats i försöket från oktober 2020 till oktober 2022.
- ett sammaslaget script med bearbetade data efter datahantering i R (output från scriptet "Data analysis part 2 - final") där relevanta variabler har räknats ut och sammanställts för vidare statistiska beräkningar.

R-script med datahantering och statistiska beräkningar:
- "Data analysis part 2 - final": Data hantering för att skapa filen med relevanta variabler som används i de statistiska beräkningarna.
- "Part 2 - Binomial models - Fertility": Statistiska beräkningar av variabler som kräver Binomiala modeller.
- "Part 2 - glmmTMB models - Fertility" : Statistiska beräkningar av variabler som kräver glmmTMB modeller.
- "Part 2 - linear models - Fertility": Statistiska beräkningar av fruktsamhetsvariabler som kräver linjära modeller.
- "Part 2 - linear models": Statistiska beräkningar av variabler som kräver linjära modeller - ffa mjölkvariabler. Visa mindre..

Data innefattar personuppgifter

Ja

Typ av personuppgifter

SE nummer till gårdar som kodats

Kodnyckel existerar

Ja

Data innehåller annan skyddsvärd information

Ja: Avtal mellan SLU och gårdarna samt SLU och Växa Sverige finns om att data inte ska publiceras öppet så att man kan koppla resultat till enskilda gårdar.

Språk

Metod och utfall

Population

Mjölkkor i 20 svenska kommersiella mjölkbesättningar i södra Sverige. Besättningar med minst 100 kor, god fruktsamhet och >9000 kg i medelårsmjölkavkastning.

Studiedesign

Experimentell studie

Beskrivning av studiedesign

Individanpassning av frivillig väntetid inna första insemination (och därmed kalvningsintervall) för förstakalvare som förväntas klara av ett förlängt KI baserrat på genetisk förutsättning för en ihållig laktationskurva, sjukdom eller kalvningsproblem i tidig laktation alternativt hög mjölkmängd i tidig laktation.

Tidsperiod(er) som undersökts

2019-01-01 – 2022-10-27

Variabler

128

Antal individer/objekt

605

Dataformat / datastruktur

Datainsamling

Datainsamling 1

  • Insamlingsmetod: Inspelning
  • Beskrivning av insamlingsmetod: Data gällande härstamning, ras, kalvning, brunststyrka, ineminationer, genomisk avelsvärdering, utslagning, sjukdommar och mjölkproduktion insamlat från de inkluderade besättningarna och administrerat av Växa Sverige samlades in vid 8 tillfällen.
  • Tidsperiod(er) för datainsamling: 2019-01-01 – 2022-10-27
  • Datainsamlare: Växa Sverige
  • Datakälla: Register/handlingar/förteckningar

Datainsamling 2

  • Insamlingsmetod: Fältexperiment
  • Beskrivning av insamlingsmetod: Insamling av data från gårdarna om korna i försök via mail och telefonkontakt med några veckors mellanrum mellan okt 2020 och maj 2021. Insamlade data registrerades i en Excelfil.
  • Tidsperiod(er) för datainsamling: 2020-10-01 – 2021-05-31
  • Datainsamlare: Sveriges lantbruksuniversitet
Geografisk täckning

Geografisk utbredning

Geografisk plats: Sverige

Geografisk beskrivning: Södra sverige

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för tillämpad husdjursvetenskap och välfärd

Medverkande

Cecilia Kronqvist - Sveriges Lantbruksuniversitet, Institutionen för tillämpad husdjursvetenskap och välfärd orcid

Erling Strandberg - Sveriges Lantbruksuniversitet, Institutionen för husdjurens biovetenskaper orcid

Maria Åkerlind - Växa Sverige orcid

Renée Båge - Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU), Intitutionen för kliniska vetenskaper orcid

Kjell Holtenius - Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU), Institutionen för tillämpad husdjursvetenskap och välfärd orcid

... Visa mer..

Cecilia Kronqvist - Sveriges Lantbruksuniversitet, Institutionen för tillämpad husdjursvetenskap och välfärd orcid

Erling Strandberg - Sveriges Lantbruksuniversitet, Institutionen för husdjurens biovetenskaper orcid

Maria Åkerlind - Växa Sverige orcid

Renée Båge - Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU), Intitutionen för kliniska vetenskaper orcid

Kjell Holtenius - Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU), Institutionen för tillämpad husdjursvetenskap och välfärd orcid

Växa Sverige

Visa mindre..

Finansiering

  • Finansiär: Stiftelsen Lantbruksforskning (SLF) rorId
  • Diarienummer hos finansiär: O-17-20-957
  • Projektnamn på ansökan: Individuellt anpassad laktationslängd för lönsam och hållbar mjölkproduktion

Etikprövning

dnr Dnr 5.8.18-10126/2018 (Uppsala)

Det finns en godkänd etisk ansökan, för blod- och hårtpvbtagning för genetisk analys.

Publikationer

Sortera på namn | Sortera efter år

Edvardsson Rasmussen, A., Holtenius, K., Båge, R., Strandberg, E., Åkerlind, M., Kronqvist, C., 2024. Customized voluntary waiting period before first insemination in primiparous dairy cows. Effect on milk production, fertility and health. Journal of Dairy Science. https://doi.org/10.3168/jds.2023-24593
DOI: https://doi.org/10.3168/jds.2023-24593

Edvardsson Rasmussen, A., 2023. Extended voluntary waiting period before first insemination in primiparous dairy cows : effects on milk production, fertility, and health. Acta Universitatis Agriculturae Sueciae. https://doi.org/10.54612/a.2skeendcfv
DOI: https://doi.org/10.54612/a.2skeendcfv
ISSN: 1652-6880

Edvardsson Rasmussen, A., Båge, R., Holtenius, K., Strandberg, E., von Brömssen, C., Åkerlind, M., Kronqvist, C., 2023. A randomized study on the effect of an extended voluntary waiting period in primiparous dairy cows on fertility, health, and culling during first and second lactation. Journal of Dairy Science 106, 8897–8909. https://doi.org/10.3168/jds.2023-23470
DOI: https://doi.org/10.3168/jds.2023-23470

Edvardsson Rasmussen, A., Holtenius, K., Båge, R., Strandberg, E., Åkerlind, M., Kronqvist, C., 2023. A randomized study on the effect of extended voluntary waiting period in primiparous dairy cows on milk yield during first and second lactation. Journal of Dairy Science 106, 2510–2518. https://doi.org/10.3168/jds.2022-22773
DOI: https://doi.org/10.3168/jds.2022-22773

Om du publicerat något baserat på det här datamaterialet, meddela gärna SND en referens till din(a) publikation(er). Är du ansvarig för katalogposten kan du själv uppdatera metadata/databeskrivningen via DORIS.