Datasetet innehåller 1D- och 2D-NMR-spektra av rotexudat från olika sorters raps (Brassica napus). Spektrumen erhölls med en Bruker Avance III 600 MHz NMR-spektrometer via Topspin version 3.5.

För intakta rotexudat finns 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG- och 1D-diffusionsspektra. I datasetet ingår även 1D-1H-spektra av ett prov som har ultrafiltrerats respektive passerat en SPE-kolonn (fastfasextraktion), samt spektra från ett spikningsexperiment där olika koncentrationer av fem metaboliter satts till både ett poolat rotexudatprov och ett blankprov. Alla prover har frystorkats och sedan lösts upp i D2O.

Datan användes för att utveckla "extended AQuA", ett automatiserat arbetsflöde för kvantitativ metabolomik.

Data innefattar personuppgifter

Nej

Språk

Engelska

Metod och utfall

Tidsperiod(er) som undersökts

2021-03 – 2022-05

Dataformat / datastruktur

Numeriska

Interaktiv resurs

Arter och taxon

Brassica napus

Datainsamling

Insamlingsmetod: Laboratorieexperiment
Beskrivning av insamlingsmetod:
Ytsteriliserade rapsfrön fick gro 3-5 dagar i petriskålar med 0.5× Murashige-Skoog-medium (inkl. vitaminer) och 0,6 % bacto agar. Därefter fästes skotten på 50 ml plaströr fyllda med autoklaverat MilliQ-vatten så att skottens rötter hamnade i vattnet (se foton), 8 skott till varje rör. Rotexudat samlades sedan in under fyra dagar varefter de frystorkades. Blankprover behandlades på samma sätt men utan några växtskott.

Frystorkade rotexudat löstes upp i några milliliter MilliQ-vatten, fördes över till 15 ml plaströr och torkades i en vakuumcentrifug. NMR-prover bereddes genom att tillsätta 750 μl KH2PO4 buffer i D2O (45 mM, pD 7.0 (avläst pH 6.6)+DSS-d6 till varje rör. Proverna centrifugerades sedan 10 min vid 17000xg. För varje prov fördes 600 µl supernatant över till ett 5 mm NMR-rör.

NMR-experiment:
- 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG- och 1D-diffusionsspektra för intakta rotexudat.
- 1D-1H-spektra av ett prov som har ultrafiltrerats respektive passerat en SPE-kolonn (fastfasextraktion)
- 1D-1H-spektra från ett spikningsexperiment där olika koncentrationer av fem metaboliter satts till både ett poolat rotexudatprov och ett blankprov.
Tidsperiod(er) för datainsamling: 2021-03 – 2022-05
Datainsamlare: Sveriges lantbruksuniversitet
Instrument: NMR-spektrometer - Bruker Avance III 600 MHz NMR-spektrometer (5 mm 1H/13C/15N/31P inverse detection kryoprob med z-gradient) kopplad till Topspin version 3.5
Datakälla: Biologiska prover

Geografisk täckning

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet

Institutionen för molekylära vetenskaper

Medverkande

Anders Broberg - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för molekylära vetenskaper

Gustav Nestor - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för molekylära vetenskaper

Johan Meijer - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för växtbiologi

Corine Sandström - Sveriges lantbruksuniversitet, Institutionen för molekylära vetenskaper

Ämnesområde och nyckelord

Forskningsområde

Organisk kemi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Analytisk kemi (Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2011)

Nyckelord

Raps, Metaboliter, Nmr-spektroskopi, Metabolites

Publikationer

Alexandersson, E., Sandström, C., Meijer, J., Nestor, G., Broberg, A. & Röhnisch, H.E. (2024). Extended automated quantification algorithm (AQuA) for targeted 1H NMR metabolomics of highly complex samples: application to plant root exudates. Metabolomics, 20 (1), 11.
DOI: https://doi.org/10.1007/s11306-023-02073-z